Takasu Ryuuji comienza su segundo año de instituto con mucho animo. Sin embargo, hay una cosa que el odia, y es su mirada, heredada de su padre (un ganster), con lo cual posee una habilidad innata para intimidar a los demás, provocándole esto muchos malentendidos con sus compañeros, no obstante, todo esto va cambiar el primer día de clases, cuando Ryuuji tiene un encontronazo con Aisaka Taiga, la persona mas peligrosa del centro.
La historia comienza cuando Mithril, una organización de mercenarios que existe para mantener la paz mundial, se entera que una estudiante japonesa de nombre Kaname Chidori es el próximo blanco de la KGB (una de tantas organizaciones terroristas que la quieren capturar), ya que la han identificado como una posible "whispered". Entonces mandan un escudaron para protegerla, siendo el más competente Sagara Sousuke. Es entonces cuando la historia se torna cómica cuando el joven soldado Sagara interactúa con gente civil y normal, claro sin olvidarse de la trama y los enfrentamientos que suceden entre Mithril y sus misteriosos enemigos.
La historia base se centra en cuatro chicas que asisten a su primer año de preparatoria, en donde tenemos a Yui Hirasawa y su impaciencia en la búsqueda de un club del cual participar. Por otro lado tenemos a Ritsu Tainaka (baterista) quien le propone a su mejor amiga Mío Akiyama (bajista), inscribirse juntas en el club de música ligera del instituto, pero desafortunadamente se enteran que está próximo a ser cerrado debido a que todos sus miembros se habían terminado de graduar el año anterior. Debido a que el mínimo permitido para aprobar un club es de 4 integrantes, Ritsu y Mío tratan desesperadamente de conseguir que el club no sea cerrado, por lo que en el intertanto lograrán reclutar a Tsumugi Kotobuki quien les indica que solo sabe tocar Teclado. Esto significa que solo hace falta un miembro más para tener nuevamente el club en funcionamiento y es aquí donde luego de una larga espera Yui se decide finalmente por un club, precisamente el de música ligera y con esto salvándolo de la extinción. Desafortunadamente el club requiere de la pieza clave de toda banda musical: el guitarrista, y Yui no tiene experiencia alguna con ningún instrumento.
La historia se centra alrededor de las llamadas "Auto Memory Dolls"; muñecas inicialmente creadas por un científico para asistir a su esposa ciega a escribir sus novelas y, luego, rentarlas a personas que necesitan de sus servicios. Mientras que la función inicial de las Auto Memory Dolls es solo generar las voces a texto, un segundo grupo de personas creó una compañía que renta hermosas y talentosas mujeres quienes, teniendo las mismas funciones que una Auto Memory Doll original, también pueden realizar tareas relacionadas con la milicia o el ejército.
Es verano y el festival de fuegos artificiales se acerca. Nazuka Oikawa pronto se trasladará a otro instituto como consecuencia del nuevo matrimonio de su madre. La joven querrá huir del incierto destino que la espera y decide convencer a Norimichi Shimada para que se escape con ella. Sin embargo, su amigo por miedo a las represalias no acepta su propuesta. Arrepentido de su decisión, Norimichi lanzará una misteriosa bola al mar que le hará regresar al día y momento en el que Nazuna le pide que se fugue con ella. ¿Cuáles serán las consecuencias de este mágico acontecimiento, en un día que se repite una y otra vez?
