Full Metal Panic! sigue las andanzas de Sousuke Sagara, un miembro de una organización anti-terrorista privada conocida como Mithril, al que se le encarga la tarea de proteger a Kaname Chidori, una estudiante de instituto japonesa con una personalidad bastante difícil.
Tras la impotencia de no poder salvar a Makise Kurisu en esta línea de universo Beta, las vidas de Okabe y el resto tienen que volver a la normalidad. Okabe asiste un día a un seminario y allí conoce al profesor Alexis Leskinen y a Maho Hiyajo, los cuales participaban en el mismo equipo que Kurisu en su investigación sobre Neurociencia en la Universidad Viktor Chondria. Así es como ambos le presentan su proyecto, el sistema “Amadeus” con el que persiguen poder digitalizar los recuerdos de los seres humanos y almacenarlos dentro de un ordenador. Es entonces cuando la vida de Okabe cambiará por completo al descubrir que dentro de Amadeus se encuentra guardada una réplica digital de la ya fallecida Makise Kurisu.
Kai y Shuhei son dos chicos muy diferentes que tienen un punto en común: la música. Mientras que Kai es hijo de una prostituta y aprendió a tocar con un piano abandonado en un bosque cerca de su casa, Shuhei es hijo de dos prestigiosos pianistas. Cuando los dos chicos se conozcan, surgirá una peculiar amistad y el camino de Kai por perfeccionar su técnica con el piano.
La vida diaria en la ciudad transcurre sin complicaciones para Ritsu Shikishima, un nuevo estudiante de la Preparatoria Kishimai de la ciudad de Miyabi. Es aficionado a la psicología y seguidor de μ, la cantante virtual de moda que todos conocen. Nada perturbaba su paz, todo encajaba en su vida, hasta que un día una extraña sensación lo invade: algo falla en el mundo, algo no encaja.
Asagiri Aya es una chica que sufre bullying en su instituto. Buscando alguna forma de escapar de sus problemas, navega por Internet en busca de distracción cuando encuentra una misteriosa web llamada Mahou Shoujo Site. Solo con ver la página, Aya se ve involucrada en el letal mundo del Magical Girl Apocalypse. Se trata de una lucha a vida o muerte contra un despliegue sin fin de máquinas de matar con faldas de volantes, todas ellas armadas con poderes mágicos y una insaciable sed de sangre y caos.
En esta “exagerada comedia romántica que te hará reír y llorar”, un chico llamado Mitsuyoshi Tada que nunca ha conocido el amor está sacando fotos de los cerezos cuando conoce a Teresa Wagner, una estudiante transferida desde Luxemburgo. Nada más llegar a Japón se pierde al separarse de su compañera de viaje y Mitsuyoshi le ayuda a encontrarla en la cafetería de su abuelo.
La historia se centra alrededor de las llamadas "Auto Memory Dolls"; muñecas inicialmente creadas por un científico para asistir a su esposa ciega a escribir sus novelas y, luego, rentarlas a personas que necesitan de sus servicios. Mientras que la función inicial de las Auto Memory Dolls es solo generar las voces a texto, un segundo grupo de personas creó una compañía que renta hermosas y talentosas mujeres quienes, teniendo las mismas funciones que una Auto Memory Doll original, también pueden realizar tareas relacionadas con la milicia o el ejército.
El Santo Grial, un artefacto que puede cumplir cualquier deseo, es otorgado al ganador de una batalla conocida como la Guerra del Santo Grial. En esta feroz batalla los Maestros (Magos) y Sirvientes (Héroes de la mitología y leyendas) pelearán a muerte. La anterior guerra destruyó una ciudad y a todos sus habitantes. 10 años después la nueva Guerra por el Santo Grial está por comenzar...
A consecuencia del conflicto bélico más devastador que la humanidad experimentó, la pequeña isla de Shitokan, Japón, fue anexada como parte del territorio de Óblast de Sajalín, Rusia. Fue en aquella remota isla, en que la amistad entre niños de dos países completamente diferentes comenzó tímidamente a nacer, superando la barrera idiomática y los embates de la historia. El día 15 de agosto, nos dijeron que se perdió la guerra. Para entonces, no sabíamos realmente las consecuencias de ello. Pero un día, todo cambió. Muchos soldados que vestían uniformes que jamás antes habíamos visto arribaron a la isla. Ese el día en que conocí a Tanya.
La historia base se centra en cuatro chicas que asisten a su primer año de preparatoria, en donde tenemos a Yui Hirasawa y su impaciencia en la búsqueda de un club del cual participar. Por otro lado tenemos a Ritsu Tainaka (baterista) quien le propone a su mejor amiga Mío Akiyama (bajista), inscribirse juntas en el club de música ligera del instituto, pero desafortunadamente se enteran que está próximo a ser cerrado debido a que todos sus miembros se habían terminado de graduar el año anterior. Debido a que el mínimo permitido para aprobar un club es de 4 integrantes, Ritsu y Mío tratan desesperadamente de conseguir que el club no sea cerrado, por lo que en el intertanto lograrán reclutar a Tsumugi Kotobuki quien les indica que solo sabe tocar Teclado. Esto significa que solo hace falta un miembro más para tener nuevamente el club en funcionamiento y es aquí donde luego de una larga espera Yui se decide finalmente por un club, precisamente el de música ligera y con esto salvándolo de la extinción. Desafortunadamente el club requiere de la pieza clave de toda banda musical: el guitarrista, y Yui no tiene experiencia alguna con ningún instrumento.
La historia comienza cuando Mithril, una organización de mercenarios que existe para mantener la paz mundial, se entera que una estudiante japonesa de nombre Kaname Chidori es el próximo blanco de la KGB (una de tantas organizaciones terroristas que la quieren capturar), ya que la han identificado como una posible "whispered". Entonces mandan un escudaron para protegerla, siendo el más competente Sagara Sousuke. Es entonces cuando la historia se torna cómica cuando el joven soldado Sagara interactúa con gente civil y normal, claro sin olvidarse de la trama y los enfrentamientos que suceden entre Mithril y sus misteriosos enemigos.
