La historia sigue inmediatamente después de los eventos de Grisaia no Meikyuu, con Kazami Yuuji detenido por ser sospechoso de involucramiento con una organización terrorista internacional, que ha conseguido entrar a las fronteras de Japón con una devastadora arma de destrucción masiva. Mientras tanto, en la Academia Mihama, a las estudiantes se les agota el tiempo ya que debido a problemas económicos la escuela cerrará dentro de un mes. Las chicas habían encontrado por fin su camino gracias a la ayuda de Yuuji, así que ¿se quedarán de brazos cruzados y esperar que el mundo cambie a su alrededor? ¿Y dejarán ir al hombre que cambió sus vidas sin intentar salvarlo? A medida que su fin en la Academia Mihama se acerca, Amane, Makina, Sachi, Yumiko, y Michiru llegan a una sola conclusión.

Ryuu Yamada es conocido como un delincuente en su escuela. Él se ha aburrido de las clases después de 1 año de asistencia. Un día, accidentalmente se cae de las escaleras y aterriza en Urara Shiraishi, la estudiante estrella de la escuela. ¡Yamada despierta para encontrarse que ha intercambiado cuerpos con ella! Los dos intentan revertir el cambio y descubren que besándose activa el intercambio. Como sugerencia del vicepresidente del consejo estudiantil Toranosuke Miyamura, ellos reviven el Club de Estudios Supernaturales. ¡El club encuentra otras “brujas” con poderes diferentes que son activados con un beso!

El Prodigio del piano, Arima Kosei dominó la competencia y todos los niños músicos sabían su nombre. Pero luego de que su madre, que a la vez era su instructora, muriera, él tuvo un colapso mental mientras tocaba en un recital que resultó en la incapacidad de poder escuchar el sonido de su piano otra vez, aun cuando no tenía problema alguno de audición. Incluso después de dos años, Kosei no ha tocado el piano y ve al mundo monótono, sin colores. Él estaba contento de vivir su vida con sus amigos Tsubaki y Watari hasta que, un día, una chica lo cambió todo. Miyazono Kaori es una linda violinista sin remordimientos cuyo estilo para tocar el violín refleja su personalidad. Kaori ayuda a Kosei a volver al mundo de la música, y le muestra que debería ser libre y romper los esquemas a diferencia del estructurado y rígido estilo al que Kosei estaba acostumbrado.

La historia gira en torno a Shoko Nishimiya, una estudiante de primaria que es sorda de nacimiento y que al cambiarse de colegio comienza a recibir acoso escolar por parte de sus nuevos compañeros. Uno de los principales responsables es Ishida Shouya quien termina por forzar que Nishimiya se cambie de escuela. Como resultado de los actos contra Shoko las autoridades del colegio toman cartas en el asunto y el curso señala como único responsable a Ishida, quien comienza a sentir el acoso impuesto por sus propios compañeros, al mismo tiempo que termina aislándose de los que alguna vez fueron sus amigos. Años después, Ishida intenta corregir su mal actuar, buscando la redención frente a Nishimiya.

Academia Hyakkaou, una prestigiosa escuela privada. Aquí, en esta academia, los estudiantes se dividen en estratos sociales. De pie por encima de todos los demás está el Consejo Estudiantil, que gobierna sobre los estudiantes con sus juegos de apuestas. Es el cielo si ganas, y el infierno si pierdes. Los adeptos a los juegos de azar son la envidia de todos, mientras que los débiles se quedan a sufrir la locura de la academia. Nuestro protagonista pertenece a la categoría de los débiles y queda endeudado convirtiendo su vida en un infierno. Una chica con un apetito casi sexual a las apuestas se transfiere a esta academia, su nombre es Jabami Yumeko y le pide a Suzui Ryouta que le enseñe los alrededores, qué le depara al futuro de nuestro protagonista y esta misteriosa chica.

Eita Kidou, después de entrar en la escuela secundaria, se dedica a estudiar incansablemente, y su gran objetivo es entrar a la Universidad Nacional de Medicina. Debido al divorcio de sus padres, se prometió rechazar todo lo relacionado con el romance o el amor y dedicarse al estudio. Pero un día esto acabaría, pues la nueva belleza de la escuela, Masuzu Natsukawa, una chica con el pelo color plateado que acaba de regresar a Japon, entró en la vida de Eita de la manera más inesperada. Su amiga de la infancia que está con él desde la escuela primaria, Chiwa Harusaki, no dejará pasar esto sin luchar.

La historia está protagonizada por el estudiante más molón de todo instituto existente: Sakamoto. Cuando llega a un nuevo instituto llama la atención no solo entre sus compañeros, sino entre todo el cuerpo estudiantil, con lo que el resto de celosos estudiantes intentarán dejarle mal constantemente, aunque con sus frustrados intentos solo conseguirán que Sakamoto parezca más molón todavía.

Shouta tiene 25 años y es un nini, en una reunión de viejos compañeros de primaria en el lugar donde estudio su primaria decide salir e ir a la piscina a fumarse un cigarrillo. Al resbalar y caer a la piscina una extraña luz sale de ella, pensando que ya estaba a punto de morir al salir de la piscina se da cuenta que regreso al pasado, a la época en que estudiaba la primaria.

En la primera planta del sótano de un edificio situado en la esquina de un distrito comercial cerca de una zona de oficinas, hay una tienda. Se trata del restaurante “Youshoku no Nekoya” (“El restaurante gatuno de cocina occidental”), cuya puerta está adornada con la imagen de un gato. Fundado cinco décadas atrás, ha estado llenando los estómagos de los asalariados oficinistas. A pesar del título de “cocina occidental”, es un restaurante extraordinario con menús más allá de la cocina occidental que son ricos y suntuosos. Sin embargo, para personas “de ese mundo”, es aún más especial y único. Hay un secreto en Nekoya. Cada sábado, cuando el restaurante se toma el día libre, Nekoya está lleno de “clientes especiales”. Con el tintineo de la campanilla, se sirve la cocina más extravagante, maravillosa y deliciosa a petición de clientes de todo tipo de condiciones sociales, educación y etnia. Ciertamente, para los asalariados se trata de un lugar familiar con platos familiares. Sin embargo, para los “clientes del sábado” o “las personas de ese mundo”, es una cocina que nunca han visto y oído antes… es un “Restaurante de un mundo alternativo”.

Incluirá una nueva historia que se desarrollará un año después del episodio final de la serie junto a una nueva versión de la historia narrada desde el punto de vista de Menma.

La historia gira en torno a Minoa Asagaya, una estudiante de primer año en el Instituto Privado Sakaneko. A pesar de no tener mucha idea de anime, Arisu Kamiigusa, compañera de clase de Minoa, la invita a unirse a un club de investigación de anime y ella acepta. A través de conversaciones con su compañera Miko Koenji y algunos senpais amantes del anime, Minoa poco a poco se engancha al anime. Mientras se resisten a los continuos esfuerzos del Consejo de Estudiantes por disolver el club e ignoran el inminente fin del mundo, los miembros del club hablan de anime, ya sea en Akiba, en “lugares sagrados” de la vida real en la que se han inspirado animes o incluso en aguas termales.

La historia ocurre en el invierno de su tercer año en el instituto, cerca del final del segundo semestre, cuando a los estudiantes les queda muy poco tiempo en el instituto. Todo el mundo estaba esperando la graduación, hasta que él volvió de repente. Fue su compañero en secundaria, pero se mudó muy lejos. Ahora ha vuelto en un momento muy peculiar y se han reunido. Parecía una señal que sacudió los sentimientos de los estudiantes que habían pensado que acabarían su vida en el instituto sin fanfarria.