En un mundo en el que existen duelos entre híbridos de seres humanos y distintos animales, el estudiante universitario Nomoto Yuya se ve envuelto en una terrible situación: unos conocidos le obligan a acompañarlos a secuestrar a una chica. Sin embargo, la joven es una híbrido de Ratel, un animal de lo más feroz, y no duda en defenderse y matarlos a todos, menos al pobre Yuya. De este modo, los dos forjarán una extraña amistad y Hitomi se quedará al lado de Yuya para protegerlo.

El pueblo de un otrora, próspero reino, ahora sufre el caos y la opresión de su nueva gobernante, la malvada Sennin Dakki, a quien acompaña su grupo de malhechores. Ante tal situación, el consejo de los Sennin ha preparado el "Proyecto Honshin" por el cual han designado al joven aprendiz Daikobo para reunir a un grupo con el que capturar y sellar a todos los Sennin malvados del mundo y establecer un nuevo reino.

La historia gira en torno a Minoa Asagaya, una estudiante de primer año en el Instituto Privado Sakaneko. A pesar de no tener mucha idea de anime, Arisu Kamiigusa, compañera de clase de Minoa, la invita a unirse a un club de investigación de anime y ella acepta. A través de conversaciones con su compañera Miko Koenji y algunos senpais amantes del anime, Minoa poco a poco se engancha al anime. Mientras se resisten a los continuos esfuerzos del Consejo de Estudiantes por disolver el club e ignoran el inminente fin del mundo, los miembros del club hablan de anime, ya sea en Akiba, en “lugares sagrados” de la vida real en la que se han inspirado animes o incluso en aguas termales.

La historia ocurre en el invierno de su tercer año en el instituto, cerca del final del segundo semestre, cuando a los estudiantes les queda muy poco tiempo en el instituto. Todo el mundo estaba esperando la graduación, hasta que él volvió de repente. Fue su compañero en secundaria, pero se mudó muy lejos. Ahora ha vuelto en un momento muy peculiar y se han reunido. Parecía una señal que sacudió los sentimientos de los estudiantes que habían pensado que acabarían su vida en el instituto sin fanfarria.

La historia gira en torno a Chisato Mizusawa. En apariencia ella es una excelente ejecutiva dentro de su compañía encargada de las relaciones públicas. Pero cuando está junto a su esposo (y los cócteles que este prepara) su personalidad cambia radicalmente, siendo un secreto que solo ellos 2 comparten.

En la primera planta del sótano de un edificio situado en la esquina de un distrito comercial cerca de una zona de oficinas, hay una tienda. Se trata del restaurante “Youshoku no Nekoya” (“El restaurante gatuno de cocina occidental”), cuya puerta está adornada con la imagen de un gato. Fundado cinco décadas atrás, ha estado llenando los estómagos de los asalariados oficinistas. A pesar del título de “cocina occidental”, es un restaurante extraordinario con menús más allá de la cocina occidental que son ricos y suntuosos. Sin embargo, para personas “de ese mundo”, es aún más especial y único. Hay un secreto en Nekoya. Cada sábado, cuando el restaurante se toma el día libre, Nekoya está lleno de “clientes especiales”. Con el tintineo de la campanilla, se sirve la cocina más extravagante, maravillosa y deliciosa a petición de clientes de todo tipo de condiciones sociales, educación y etnia. Ciertamente, para los asalariados se trata de un lugar familiar con platos familiares. Sin embargo, para los “clientes del sábado” o “las personas de ese mundo”, es una cocina que nunca han visto y oído antes… es un “Restaurante de un mundo alternativo”.

Incluirá una nueva historia que se desarrollará un año después del episodio final de la serie junto a una nueva versión de la historia narrada desde el punto de vista de Menma.

Senran Kagura es una historia de valentía y amor sobre cinco niñas de la Academia Nacional de Hanzo que se entrenan para convertirse en "buen ninja" y luchan por el bien del país en contra de los "malo ninja" que son contratados por las empresas y los políticos corruptos. Todas las chicas están equipadas con la edición ninja estándar.