La historia está protagonizada por Arata Kaizaki, un hombre de 27 años, soltero y desempleado al que sus padres le dejan sin apoyo financiero. Incapaz de encontrar trabajo debido a que siempre abandonó sus empleos anteriores en menos de tres meses, no sabe qué hacer. Una noche, tras estar bebiendo con un viejo amigo del instituto, Arata conoce a Ryo Yoake, un hombre que le ofrece a Arata una pastilla que lo convertirá nuevamente en un adolescente de 17 años y así poder rehacer su vida. Tras acceder a hacer la prueba, Arata se une a una nueva clase en el instituto y conoce a Chizuru Hishiro, una preciosa chica pero muy silenciosa que anhela tener amigos. Arata tendrá que interactuar con la chica y el resto de sus nuevos compañeros de clase para descubrir qué le falta en su vida para ser feliz en el año que durará el efecto de la pastilla.
La “historia de milagros y amor” gira en torno a Mitsuha y Taki. Mitsuha es una estudiante de secundaria que vive en un pueblo rural situado en las montañas. Su padre es el alcalde y no pasa mucho por casa, ella vive con su hermana pequeña estudiante de primaria y su abuela. Mitsuha tiene una personalidad honesta, pero a ella no le gustan las costumbres del santuario sintoísta de su familia, ni ella ni su padre participan en una campaña electoral. Ella se lamenta de que vive confinada en un pueblo rural y anhela el maravilloso estilo de vida de Tokio. Taki es un estudiante de secundaria que vive en el centro de Tokio. Él pasa su tiempo junto a sus amigos, trabajando a tiempo parcial en un restaurante italiano y está interesado en la arquitectura y las bellas artes. Un día, Mitsuha tiene un sueño en el que ella tiene el cuerpo de un hombre joven. Taki también tiene un sueño parecido y en el que él es una estudiante de secundaria en un pueblo en las montañas en él que nunca ha estado. ¿Cuál es el secreto de sus sueños?
La serie toma lugar en un prestigioso instituto estudiantil que recientemente acaba de ser mixto, por lo que cuenta con una población estudiantil de mil chicas y solo 5 chicos. Ellos creyeron que estaban aprovechando la oportunidad de sus vidas al entrar a dicha escuela en tales circunstancias…. pero nada más lejos de la realidad, ya que en lugar de ser un sueño adolescente, la escuela termina siendo una pesadilla para éstos chicos, transformándose en casi una prisión para ellos.
Un grupo de 15 estudiantes de secundaria que sobresalen en sus propios campos (ej:shaman, deportista, Idol) son invitados a la Academia Hope Peak, una secundaria que solo acepta lo mejor de lo mejor. Graduarse de esta academia significa éxito asegurado en la vida. Poco después de llegar, los estudiantes se ven atrapados en la escuela, con todas las entradas y ventanas selladas, por un sádico oso de peluche llamado "Monokuma", quien ha tomado control de las instalaciones y les da dos opciones a los estudiantes: 1) Vivir por el resto de sus vidas dentro de las paredes de la escuela, o, 2) intentar escapar de esta "graduándose". Para graduarse un estudiante tiene que realizar un "Asesinato perfecto", matando a uno de sus compañeros sin ser descubierto por el resto de los estudiantes. Si el culpable es descubierto, este será "castigado". Si se sale con la suya, el quedara en libertad y el resto de los estudiantes serán "castigados".
Hace mucho tiempo, había un Dios de la Luz y un Dios de las Tinieblas. Mientras que los devotos del Dios de la Luz experimentaban felicidad y buena fortuna, el Dios de las Tinieblas engañaba a la gente y les robaba la alegría. Y así, como dice la leyenda, el Dios de la Luz decidió castigarlo convirtiéndolo en un monstruo. Enfurecido por esto, el Dios de las Tinieblas ejerció su castigo como una maldición para infligir sufrimiento a los demás. Debido a sus acciones, fue desterrado al Exterior, donde él y sus monstruosos hijos permanecerán por la eternidad, mientras que los del Interior nunca deben entrar en contacto con alguien del Exterior, si es que no quieren ser maldecidos con una forma espantosa.
Una niña pequeña llamada Shiva, una habitante del Interior, es encontrada por un habitante del Exterior que llega a conocer como Sensei. Aunque no pueden tocarse, Sensei se preocupa por Shiva lo mejor que puede, y juntos viven una vida moderadamente feliz. Pero pronto, Shiva no solo se encuentra en peligro por el Exterior, sino también por los de su propia especie.
