La “historia de milagros y amor” gira en torno a Mitsuha y Taki. Mitsuha es una estudiante de secundaria que vive en un pueblo rural situado en las montañas. Su padre es el alcalde y no pasa mucho por casa, ella vive con su hermana pequeña estudiante de primaria y su abuela. Mitsuha tiene una personalidad honesta, pero a ella no le gustan las costumbres del santuario sintoísta de su familia, ni ella ni su padre participan en una campaña electoral. Ella se lamenta de que vive confinada en un pueblo rural y anhela el maravilloso estilo de vida de Tokio. Taki es un estudiante de secundaria que vive en el centro de Tokio. Él pasa su tiempo junto a sus amigos, trabajando a tiempo parcial en un restaurante italiano y está interesado en la arquitectura y las bellas artes. Un día, Mitsuha tiene un sueño en el que ella tiene el cuerpo de un hombre joven. Taki también tiene un sueño parecido y en el que él es una estudiante de secundaria en un pueblo en las montañas en él que nunca ha estado. ¿Cuál es el secreto de sus sueños?

La historia está protagonizada por Arata Kaizaki, un hombre de 27 años, soltero y desempleado al que sus padres le dejan sin apoyo financiero. Incapaz de encontrar trabajo debido a que siempre abandonó sus empleos anteriores en menos de tres meses, no sabe qué hacer. Una noche, tras estar bebiendo con un viejo amigo del instituto, Arata conoce a Ryo Yoake, un hombre que le ofrece a Arata una pastilla que lo convertirá nuevamente en un adolescente de 17 años y así poder rehacer su vida. Tras acceder a hacer la prueba, Arata se une a una nueva clase en el instituto y conoce a Chizuru Hishiro, una preciosa chica pero muy silenciosa que anhela tener amigos. Arata tendrá que interactuar con la chica y el resto de sus nuevos compañeros de clase para descubrir qué le falta en su vida para ser feliz en el año que durará el efecto de la pastilla.

La serie toma lugar en un prestigioso instituto estudiantil que recientemente acaba de ser mixto, por lo que cuenta con una población estudiantil de mil chicas y solo 5 chicos. Ellos creyeron que estaban aprovechando la oportunidad de sus vidas al entrar a dicha escuela en tales circunstancias…. pero nada más lejos de la realidad, ya que en lugar de ser un sueño adolescente, la escuela termina siendo una pesadilla para éstos chicos, transformándose en casi una prisión para ellos.