La historia toma lugar 12,000 años después de los eventos del primer Aquarion en una ciudad que sigue el modelo de Hong Kong. Un nuevo grupo de personajes que pilotearan los nuevos modelos de Aquarion para luchar contra enemigos de otra dimensión.
La Humanidad perdió dos terceras partes de su población debido a un desastre natural: el hielo del continente Antártico se derritió y apareció la Atlántida, la civilización desaparecida hace 12.000 años. Debido a esto, revivieron los Ángeles Caídos, una raza de seres alados que envían unas armas biomecánicas conocidas como Bestias Míticas a las ciudades para capturar a la gente y extraer la energía biológica Prana. Los humanos excavaban en las profundidades del océano para encontrar las Máquinas Vectoriales (Vectores), unas armas que se decía que eran capaces de vencer a los Ángeles Caídos. Estas máquinas se combinan y forman el Ángel Aquarion Mecánico. Para pilotar el Aquarion hace falta una persona con la habilidad Elemento compatible con el sistema; por eso se reunió a adolescentes candidatos a ser pilotos. Por fin, llegó el día en el que el Ángel Aquarion Mecánico apareció.
Es una verción alternativa de la conocida seria Aquarion donde la historia varia un poco en algunas parates argumentales. Asi pasan 12000 años y los angeles vuelve a la Tierra, destruyendo casi toda la población. Una organización mundial llamada Deava quienes logran de algún modo recrear la antigua tecnología construyendo unas replicas del Aquarion. En una de las batallas, las naves de Silvia y Reika termina estrellada en un monte en donde se encuentran con un misterioso muchacho que al parecer cuida el lugar. Allí ellos comienzan a sentir que son la reencarnación del legendario trio y deciden luchar contra el enemigo en común. A medida que todos se van conociendo, los recuerdos de su vida pasada comienza a ser más clara, por lo que Reika comienza a sospechar que Silvia es la reencarnación de Scorpios y por lo tanto la que podría traicionarlos. Para colmo en su muñeca izquierda oculta una especie de ala lo cual se sospecha que la acerca a la raza de los angeles... Cuando menos se lo esperaban, Apollo es apuñalado mientras dormia y las pruebas apuntan a Silvia... ¿Se volverá a repetir la historia?
La historia gira en torno a Fudou Nomura, un joven que es enviado a la Academia Privada Aichi Symbiosis. Originalmente, la academia era exclusiva para chicas de la alta sociedad. Sin embargo, al volverse mixta, las chicas presas del miedo solicitaron portar armas dentro de la escuela. Tras recibir la aprobación, fue fundada la “Five Ruling Swords”, una organización cuyo fin es el de proteger a las chicas y corregir a los estudiantes “problemáticos”. Poco después de haber ingresado, Fudou se convierte rápidamente en el objetivo de Rin Onigawara, miembro de las Five Ruling Swords. Para intentar librarse de ellas, Fudou deberá derrotar a cada una de las “espadas”.
Hideki Nishimura es un joven que se confesó a quien creía que era una chica en Internet, pero resultó ser un chico. Este hecho le marcó y lo guarda como un angustioso recuerdo que no cuenta a nadie por lo que juró no creer nunca más a nadie en Internet. Sin embargo, un día una joven de Internet se le confiesa a él, y resulta ser una hermosa muchacha llamada Ako Tamaki. Ako no sabe distinguir la realidad del mundo online, es bastante solitaria y tiene graves problemas de comunicación. Así pues, Hideki y sus amigos de la guild trabajarán juntos para ayudarla.
La historia gira en torno a los Caballeros Mágicos, usuarios modernos de la magia que luchan con sus propias almas convertidas en armas. Ikki Kurogane asiste al colegio de estos caballeros, pero resulta ser el “caballero fallido” o “el peor caballero” que está fracasando por no tener habilidades mágicas. Sin embargo, un día es retado a duelo por Stella, una princesa extranjera y la estudiante número uno del colegio. En este duelo, “el perdedor tiene que ser obediente hacia el que gane por el resto de su vida”.
La historia de Kono Bijutsubu ni wa Mondai ga Aru! gira en torno a un club de arte de instituto formado por una chica con mucho sentido común, un chico cuya única inspiración es crear la novia perfecta en 2D y su presidente, quien siempre está durmiendo.
