La historia de Kono Bijutsubu ni wa Mondai ga Aru! gira en torno a un club de arte de instituto formado por una chica con mucho sentido común, un chico cuya única inspiración es crear la novia perfecta en 2D y su presidente, quien siempre está durmiendo.
Hideki Nishimura es un joven que se confesó a quien creía que era una chica en Internet, pero resultó ser un chico. Este hecho le marcó y lo guarda como un angustioso recuerdo que no cuenta a nadie por lo que juró no creer nunca más a nadie en Internet. Sin embargo, un día una joven de Internet se le confiesa a él, y resulta ser una hermosa muchacha llamada Ako Tamaki. Ako no sabe distinguir la realidad del mundo online, es bastante solitaria y tiene graves problemas de comunicación. Así pues, Hideki y sus amigos de la guild trabajarán juntos para ayudarla.
La historia gira en torno a los Caballeros Mágicos, usuarios modernos de la magia que luchan con sus propias almas convertidas en armas. Ikki Kurogane asiste al colegio de estos caballeros, pero resulta ser el “caballero fallido” o “el peor caballero” que está fracasando por no tener habilidades mágicas. Sin embargo, un día es retado a duelo por Stella, una princesa extranjera y la estudiante número uno del colegio. En este duelo, “el perdedor tiene que ser obediente hacia el que gane por el resto de su vida”.