La historia se centra en el joven Allen Walker, un exorcista, durante un imaginario siglo XIX en Europa. Allen se convierte en miembro de la Orden Negra, una organización religiosa integrada por exorcistas de todo el mundo, la cual está vinculada al Vaticano. La misión de dicha organización es detener al Conde del Milenio, una malvada entidad demoníaca que pretende limpiar el mundo destruyendo a la humanidad, haciendo uso de sus armas llamadas Akuma. Los exorcistas son personas compatibles con la Inocencia, una sustancia divina creada en el pasado. Se dice que hay 109 trozos de Inocencia esparcidos por todo el mundo, una vez que la Inocencia encuentra a su persona compatible, evoluciona en un arma anti-Akuma. Esto se convierte en una carrera entre la Orden Negra y el Conde del milenio y sus aliados por conseguir la Inocencia.

Un grupo de alquimistas consigue ser inmortales gracias a un elixir que se les es otorgado por un demonio. Debido a sus confrontaciones y ambicia de poder, se ven obligados a separarse unos de otros a través del mundo. Pero siglos después vuelven a encontrarse ellos, más otros personajes que se hacen importantes a lo largo de la historia. El relato transcurre mientras el vicepresidente del Daily Days recuerda con Carol "los acontecimientos de 1930". La historia cuenta lo que sucede entre 1930 y 1932 aunque se centra en relatar el múltiple asalto al tren Flying Pussyfoot en 1931 desde muchos puntos de vista distintos, uno por cada grupo de pasajeros.

El reino de Dowa, el cual esta dividido en 13 estados, se encuentra de celebración por el 99 cumpleaños de su monarca. Cada uno de estos estados cuenta con diversas agencias, las cuales están controladas por la organización conocida como ACCA. Dentro de dicha organización, Jean Otis es el segundo al mando de la agencia de inspección. Su agencia posee a 10 personas asignadas a cada uno de los 13 estados, teniendo su oficina central en la capital del reino. Ellos se encargan de llevar el registro de todas las actividades que realiza ACCA en el reino, así como el mantener los datos y la información que fluye desde las oficinas estatales de la organización hacia la oficina central.

Una brecha entre la Tierra y los inframundos se ha abierto sobre la ciudad de Nueva York, atrapando a los neoyorquinos y a criaturas de otras dimensiones en una impenetrable burbuja. Han vivido juntos por años, en un mundo de loca ciencia ficción. Ahora alguien amenaza con destruir la burbuja, y un grupo de súper humanos con estilo está trabajando para evitar que eso suceda.

La historia gira en torno a los gemelos Yuta y Yuki Asaba, el afeminado Shun Matsuoka y el líder de la clase Kaname Tsukuhara, todos ellos se conocen desde la infancia, aunque eso no signifique que sean los mejores amigos. Una estudiante recientemente transferida al colegio de los chicos, Chizuru Tachibana, entra al círculo de estos amigos, en una comedia sobre el día a día de un grupo de adolescentes.

Sawako Kuronuma, llamada Sadako por sus compañeras por su parecido con el personaje de Ringu (película original del remake estadounidense The Ring), siempre se ha entendido mal y teme por su apariencia. Hay rumores de que Sawako puede ver fantasmas y es una maldición para las personas. Pero cuando su ídolo, el popular muchacho Kazehaya, comienza a hablar con ella, todo cambia. Se encuentra en un nuevo mundo, tratando de hacer amigos y hablar con gente diferente y no puede agradecer lo suficiente a Kazehaya por darle estas oportunidades. Lento pero seguro, florece un dulce amor entre los dos, ya que superará cualquier circunstancia y obstáculos en el camino.

Kensou Tenma, un reconocido medico cirujano de origen japonés que vive en Alemania está apunto de experimentar una historia que le cambiará la vida : en el año 1986 en Dusseldorf mientras se preparaba para operar a una personalidad que llegaba en estado crítico, una pareja de niños también llegaba al hospital; la niña se encontraba en estado de shock y el niño estaba grave con una herida de bala en la cabeza. Debatiéndose entre lo más ético y en la moral, Tenma accede a operar al niño yendo en contra de sus superiores lo que le acarrearía problemas ya que con la muerte del paciente anterior, los directivos del hospital se encargaran de arruinar su reputacion...

Mato Kuroi una alegre y activa chica llega a su primer día de instituto, y una joven le llama la atención, se trata de Yomi Takanashi una chica madura que va a su misma clase. Ambas entablan amistad, una amistad que se irá fortaleciendo a traves del tiempo. Tras su llegada a segundo año de instituto son separadas y empiezan a distanciarse. Mientras tanto en algun lugar dos chicas se enfrentan entre ellas, una llevando una enorme arma de fuego de alto calibre (Black Rock Shooter) y la otra llevando una guadaña negra (Dead Master), ambas guardan un parecido considerable con las jovenes Yomi y Mato.

Quince años después de las vacaciones de verano. Si no hubiéramos ido al Mundo Digital. Si no hubiéramos hecho este viaje con los otros. Si no hubiéramos cambiado de esta manera. Estos Digimon siempre estuvieron con nosotros. Fuimos amigos todo el tiempo. Aprendimos la importancia de ayudarnos mutuamente. ¡Todas esas cosas nos hicieron como somos! Nuevas aventuras para todos los “Niños Elegidos” en el mundo.