Quince años después de las vacaciones de verano. Si no hubiéramos ido al Mundo Digital. Si no hubiéramos hecho este viaje con los otros. Si no hubiéramos cambiado de esta manera. Estos Digimon siempre estuvieron con nosotros. Fuimos amigos todo el tiempo. Aprendimos la importancia de ayudarnos mutuamente. ¡Todas esas cosas nos hicieron como somos! Nuevas aventuras para todos los “Niños Elegidos” en el mundo.

Mato Kuroi una alegre y activa chica llega a su primer día de instituto, y una joven le llama la atención, se trata de Yomi Takanashi una chica madura que va a su misma clase. Ambas entablan amistad, una amistad que se irá fortaleciendo a traves del tiempo. Tras su llegada a segundo año de instituto son separadas y empiezan a distanciarse. Mientras tanto en algun lugar dos chicas se enfrentan entre ellas, una llevando una enorme arma de fuego de alto calibre (Black Rock Shooter) y la otra llevando una guadaña negra (Dead Master), ambas guardan un parecido considerable con las jovenes Yomi y Mato.