La historia se centra alrededor de las llamadas "Auto Memory Dolls"; muñecas inicialmente creadas por un científico para asistir a su esposa ciega a escribir sus novelas y, luego, rentarlas a personas que necesitan de sus servicios. Mientras que la función inicial de las Auto Memory Dolls es solo generar las voces a texto, un segundo grupo de personas creó una compañía que renta hermosas y talentosas mujeres quienes, teniendo las mismas funciones que una Auto Memory Doll original, también pueden realizar tareas relacionadas con la milicia o el ejército.
Tras el suicidio de una estudiante llamada Chisa Yomoda, sus compañeros de escuela comienzan a recibir extraños correos electrónicos póstumos de Chisa desde la red -o Wired-. Entre ellos se encuentra Lain Iwakura, una niña de 14 años a la que se le hace difícil convivir con los demás. Sin conocer el funcionamiento de una computadora, abre el correo de la joven suicida, y, por curiosidad, trata de descubrir más acerca del tema, pidiéndole a su padre un nuevo Navi para poder conocer más acerca de la Wired (que es un sistema de navegación similar a lo que conocemos por internet)
Hitori Bocchi es una chica que sufre de una tremenda ansiedad social y solo logró hacer una amiga en toda la primaria. Cuando Bocchi descubre que se separará de ella al graduarse, hace una promesa a su preocupada amiga: "Cuando llegue la graduación de secundaria habré logrado hacerme amiga de todos mis compañeros de clase". Pero claro, su amiga le pone una condición: si no lo logra, ¡¿dejará de ser su amiga?! El problema es que a Bocchi le cuesta mucho hablar con la gente, y cuando lo intenta le dan calambres en las piernas, se pone nerviosa, ¡y no puede ni mirar a nadie a la cara!
La historia sigue a un muchacho llamado Houtarou que se une al club de literatura clásica por orden de su hermana mayor, aunque él prefiere no involucrarse en nada. En el club se va acercando poco a poco a la verdad tras cierto incidente relacionado con el tío de una muchacho del mismo y que ocurrió 33 años atrás. Él acabará viéndose arrastrado a resolver el misterio por otra chica.
Higurashi no naku koroni narra la historia acerca de la llamada Maldición de Oyashiro-sama, consistente en el asesinato de una persona y la desaparición de otra, que se cumple todos los años en la tranquila villa de Hinamizawa desde unos incidentes de 5 años atrás durante la noche festiva del Watanagashi. Keiichi Maebara y su grupo de amigos, que hasta esa noche viven tranquilamente en la villa, se ven envueltos en el caso de la maldición en las varias sagas. Cada una de estas sagas revela varios detalles acerca la "maldición" y tiene un final distinto que acaba, normalmente, con el asesinato de algunos miembros del grupo.
Waver Velvet, el joven que luchó codo con codo con el Rey de los Conquistadores Iskandar durante la Cuarta Guerra del Santo Grial en Fate/Zero. Ha pasado el tiempo y ahora un Waver más maduro ha adoptado el nombre de Lord El-Melloi. Como Lord El-Melloi II, enfrenta numerosos casos relacionados con el mundo mágico y místico en la Torre del Reloj, la meca de todos los magos...
