Waver Velvet, el joven que luchó codo con codo con el Rey de los Conquistadores Iskandar durante la Cuarta Guerra del Santo Grial en Fate/Zero. Ha pasado el tiempo y ahora un Waver más maduro ha adoptado el nombre de Lord El-Melloi. Como Lord El-Melloi II, enfrenta numerosos casos relacionados con el mundo mágico y místico en la Torre del Reloj, la meca de todos los magos...

La historia sigue a un muchacho llamado Houtarou que se une al club de literatura clásica por orden de su hermana mayor, aunque él prefiere no involucrarse en nada. En el club se va acercando poco a poco a la verdad tras cierto incidente relacionado con el tío de una muchacho del mismo y que ocurrió 33 años atrás. Él acabará viéndose arrastrado a resolver el misterio por otra chica.

Higurashi no naku koroni narra la historia acerca de la llamada Maldición de Oyashiro-sama, consistente en el asesinato de una persona y la desaparición de otra, que se cumple todos los años en la tranquila villa de Hinamizawa desde unos incidentes de 5 años atrás durante la noche festiva del Watanagashi. Keiichi Maebara y su grupo de amigos, que hasta esa noche viven tranquilamente en la villa, se ven envueltos en el caso de la maldición en las varias sagas. Cada una de estas sagas revela varios detalles acerca la "maldición" y tiene un final distinto que acaba, normalmente, con el asesinato de algunos miembros del grupo.