Shiki "El León Dorado" que desea traer el infierno a la Tierra es el unico hombre que ha escapado de la gran prisión Impel Down. Justo después de su salida de Thriller Bark la Tripulación del Sombrero de Paja y Shiki entra en un enfrentamiento, Shiki secuestra a Nami, entonces Luffy y sus compañeros se embarcan en su búsqueda.
El mundo estuvo cerca de ser destruido por Desesperación Definitiva, quien causó "los más grandes, los más terroríficos, los más trágicos eventos en la historia humana."Para salvar a este mundo de los eventos de caes, la Fundación Futuro fue creada. Aunque la organización continua sus actividades para restaurar el mundo, Makoto Naegi bajo sospecha de traición debido a que protege a un sobreviviente de la Desesperación. Los miembros de la Fundación Futuro se reúnen para decidir su castigo, pero todos ellos terminan atrapados dentro del lugar donde se encontraron con Monokuma, quien demanda el inicio del "Asesinato Final." Ellos tienen extraños brazaletes en sus muñecas, y les dan tranquilizantes cuando un cierto tiempo llega. Para empeorarlo, aparentemente hay un traidor real dentro de ellos, que vino a matar a los miembros de la Fundación Futuro. En este juego donde las pruebas de clase no existen, la única forma de encargarse del traidor es encontrarlo y matarlo. Naegi es forzado a enfrentar el juego a muerte definitivo, donde es matar o ser matado. Una historia de desesperación donde la esperanza asesina la esperanza inicia.
Extraños asesinatos se están sucediendo uno tras otro en Tokyo. Debido a las pruebas encontradas en las escenas, la policía concluye que los ataques son obra de ghouls que se comen a las personas. Kaneki y Hide, dos compañeros de clase, llegan a la conclusión de que si nadie ha visto nunca a esos necrófagos es porque toman la apariencia de seres humanos para ocultarse. Poco sabían entonces de que su teoría sería más cierta de lo que pensaban cuando Kaneki es herido de gravedad por un monstruo y comienza a atraerle cada vez más la carne humana…
La historia toma lugar en Tokyo Butei High School, una escuela especial en donde detectives armados llamados "Butei" son entrenados en el uso de sus armas y habilidades. Kinji Tooyama es un estudiante de segundo año que tiene una habilidad especial, pero la mantiene en secreto y se muestra como alguien normal ya que quiere una vida pacífica. Un día, de camino a la escuela, mientras viaja en su bicicleta con una bomba, se encuentra con H. Aria Kanzaki, la más poderosa Butei de Rango "S" del la seccional de Asalto de la escuela.
Dos años después del ataque del CCG al Anteiku, la ciudad de Tokio cambia drásticamente debido a la influencia del CCG. Además, los ghouls siguen siendo un problema, pues ahora se han vuelto más cautos. Sin embargo, se creará la nueva escuadra experimental Quinx para mantenerlos a raya, un grupo liderado por un mitad ghoul, mitad humano.
La historia se centra en dos hermanos, Edward Elric y Alphonse Elric que rompieron el mayor tabú de la alquimia, la trasmutación humana al tratar de revivir a su fallecida madre; en consecuencia Edward pierde su pierna izquierda y Alphonse pierde todo su cuerpo, Edward para salvar a su hermano sella su alma en una gran armadura de hierro a cambio de su brazo derecho; ahora los dos con un nuevo objetivo buscan desesperadamente la piedra filosofal para poder regresar sus cuerpos a la normalidad...
Una hermosa estudiante de instituto llamada Satou Matsuzaka cree haber descubierto el verdadero significado del amor tras empezar a vivir con una chica que se encuentra en la calle. Hasta entonces, Satou nunca había rechazado a los chicos que se interesaban por ella y tenía fama de ser una “chica fácil”, pero todo cambia cuando conoce a Shio, cuya edad e historia personal no están nada claras. Cuando están juntas, Satou experimenta un sentimiento muy dulce que entiende que es amor. Con tal de proteger este sentimiento, está dispuesta a hacer cualquier cosa… incluso aunque eso signifique tener que asesinar a alguien.
Es la década de 1950. La guerra ha terminado y la economía está creciendo a un ritmo acelerado. Mientras los ricos se vuelven más ricos, un enorme número de personas que aún se encuentran en la parte inferior de la pirámide social y tienen que trabajar demasiado para sobrevivir. Por otro lado, el clan de los fantasmas y los monstruos espíritus viven en su propio mundo. Han existido antes que los seres humanos, pero se ven obligados a pasar más tiempo en las afueras de los bosques a medida que la urbanización progresa. En tal sociedad, Kitaro nació en un cementerio como el último fantasma del clan.
