La historia de la película esta situada después del terminado conflicto instigado por Toyotomi Hideyoshi, pero no antes de que la Batalla de Sekigahara determine quien será el Shogun de Japón.
Sengoku Basara: Judge End se basará en el juego Sengoku Basara 3 (Sengoku Basara: Samurai Heroes) lanzado en 2010 y representará la épica Batalla de Sekigahara
La historia de Gintama nos sitúa en un Japón sometido por unas criaturas alienígenas conocidas como Amantos. Gracias a estos el país goza de avances tecnológicos desmedidos, pero a la vez la especie humana ha sido desprendida de la autoridad de velar sobre su propio planeta. Para evitar revuelas bélicas se ha prohibido por completo el uso y porte de espadas en cualquier circunstancia por parte de los terrícolas,pero aun así en esta nueva era hay personas que se mantienen fieles a sus creencias y convicciones antañas como es el caso del protagonista, Gintoki. Gin, junto con otros dos igualmente estrambóticos personajes crean una tienda conocida como la Yorozuya, en donde se dedican a realizar cualquier tipo de trabajo que se les presente, pero al final rara vez logran obtener algo de dinero decente y tienen problemas incluso para pagar el alquiler del piso.
Tras un largo y complicado viaje, el héroe llega finalmente al castillo de Maou, la señora oscura, solo para descubrir que le piden ayuda. El héroe explica que la guerra que los demonios han provocado con los humanos ya ha matado a miles de personas y ha dejado a aun más en la miseria. La reina de los demonios sin embargo le responde que gracias a la guerra, la sociedad humana ha podido unirse más y le muestra pruebas de que ha incrementado la población, la producción, potenciado la economía y mejorado la soeicedad en general. Y lo que es más, según ella, acabar con la guerra derivaría en una guerra civil que produciría aun más derramamientos de sangre. El héroe, convencido de que la única forma de alcanzar la ?paz? por decirlo de alguna manera, es unirse a la señora oscura, decide aliarse con ella.
Shinichirou decide buscar un trabajo para poder pagar su renta, y su profesor le sugiere que haga las faenas domésticas en la casa de alguien. Sin embargo, la persona que lo contrató fue Sakuya, una chica que es la jefe N°37 de la familia Shimazu, y su trabajo es exorcizar y eliminar criaturas no deseadas. Shinichirou accidentalmente libera a una de las criaturas que Sakuya captura y colaboran para atraparla. ¡Una cómica historia de cacería de criaturas comienza!
La historia gira en torno a Shoko Nishimiya, una estudiante de primaria que es sorda de nacimiento y que al cambiarse de colegio comienza a recibir acoso escolar por parte de sus nuevos compañeros. Uno de los principales responsables es Ishida Shouya quien termina por forzar que Nishimiya se cambie de escuela. Como resultado de los actos contra Shoko las autoridades del colegio toman cartas en el asunto y el curso señala como único responsable a Ishida, quien comienza a sentir el acoso impuesto por sus propios compañeros, al mismo tiempo que termina aislándose de los que alguna vez fueron sus amigos. Años después, Ishida intenta corregir su mal actuar, buscando la redención frente a Nishimiya.
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