La historia está protagonizada por Sora y Shiro, hermano y hermana, que son muy famosos en todo Internet como NEETs y hikikomoris que se pasan el día jugando a videojuegos, tanto que son una leyenda. Los dos consideran el mundo real como “un juego malo”. Un día, un chico llamado “Dios” les invoca a otro mundo. Allí, Dios ha prohibido las guerras y declara que en el mundo todo se decidirá mediante juegos, incluso cuáles serán las fronteras entre países. La humanidad se ha visto reducida a una sola ciudad debido a que el resto de razas le han ido quitando todo el territorio. Shiro y Sora tendrán que ser los salvadores de la humanidad en este mundo alternativo.

En la historia, Subaru Natsuki es un estudiante corriente de instituto que se pierde en un mundo alternativo, donde una preciosa chica de pelo plateado lo rescata. Para devolverle el favor decide quedarse con ella, pero el destino con el que carga la muchacha es mucho más pesado de lo que Subaru puede imaginar. Los enemigos atacan sin descanso, uno tras otro, hasta que finalmente mueren tanto él como la chica. Es entonces cuando Subaru descubre que tiene el poder de dar marcha atrás en el tiempo y volver al inicio de la historia, al punto en el que llegó al mundo desconocido. El problema es que él es el único que recuerda lo ocurrido.

A Hinako Sakuragi le cuesta mucho hablar con otras personas. Para poder superar su extrema timidez, Hinako decide marcharse de su casa en un pueblo de interior para ir a estudiar a la preparatoria que cuenta con el club de teatro que tanto admira, con lo que vivirá en la residencia Hitotose-sou. Allí conocerá a Kuina, quien adora los libros y comer, a Mayuki, un poco mayor aunque no lo parezca y que adora cocina, y a la sexy casera Chiaki-san. Una tierna comedia sobre la vida diaria de una chica que tiene que vencer la timidez.

La historia de esta comedia romántica comienza cuando Gris, una ángel quien posee un misterioso objeto con el cual puede convertir a dos personas que se besen en una pareja sin importar las circunstancias, aparece frente a Seiji Aino, un joven estudiante común. Accidentalmente, Gris utiliza su misterioso objeto en el, por lo que se verá obligada a convencer a Seiji de besar a Akane Hiyama, la chica más popular de su escuela y por la quien el se siente enamorado, ya que de lo contrario ella morirá. Sin embargo, la verdadera personalidad de Akane resultará ser un tanto distinta a lo que el se podría haber imaginado.

Hideki Nishimura es un joven que se confesó a quien creía que era una chica en Internet, pero resultó ser un chico. Este hecho le marcó y lo guarda como un angustioso recuerdo que no cuenta a nadie por lo que juró no creer nunca más a nadie en Internet. Sin embargo, un día una joven de Internet se le confiesa a él, y resulta ser una hermosa muchacha llamada Ako Tamaki. Ako no sabe distinguir la realidad del mundo online, es bastante solitaria y tiene graves problemas de comunicación. Así pues, Hideki y sus amigos de la guild trabajarán juntos para ayudarla.

Un grupo de 15 estudiantes de secundaria que sobresalen en sus propios campos (ej:shaman, deportista, Idol) son invitados a la Academia Hope Peak, una secundaria que solo acepta lo mejor de lo mejor. Graduarse de esta academia significa éxito asegurado en la vida. Poco después de llegar, los estudiantes se ven atrapados en la escuela, con todas las entradas y ventanas selladas, por un sádico oso de peluche llamado "Monokuma", quien ha tomado control de las instalaciones y les da dos opciones a los estudiantes: 1) Vivir por el resto de sus vidas dentro de las paredes de la escuela, o, 2) intentar escapar de esta "graduándose". Para graduarse un estudiante tiene que realizar un "Asesinato perfecto", matando a uno de sus compañeros sin ser descubierto por el resto de los estudiantes. Si el culpable es descubierto, este será "castigado". Si se sale con la suya, el quedara en libertad y el resto de los estudiantes serán "castigados".

En un mundo en el que youkais y humanos pueden coexistir e incluso enamorarse entre ellos, muchos youkais ven como sus humanos amados mueren antes que ellos debido a que tienen una esperanza de vida mucho más corta. Cuando un humano renace, los recuerdos de su vida anterior desaparecen, pero entre los youkai se ha hecho cada vez más popular el rumor de la existencia de cierto "servicio" especial para evitar eso. Este "servicio" lo proporcionan los Fox Spirit Matchmakers, quienes pueden hacer que el ser amado de cualquier youkai recupere sus recuerdos de su vida anterior y así continuar juntos con su amor. Esta es la historia de un joven Fox Spirit Matchmaker que intenta hacer feliz a la gente y difundir el amor ayudando a recuperar recuerdos perdidos.

Naruto, un aprendiz de ninja de la Aldea Oculta de Konoha es un chico travieso que desea llegar a ser el Hokage de la aldea para demostrar a todos lo que vale. Lo que descubre al inicio de la historia es que la gente le mira con desconfianza porque en su interior está encerrado el demonio Kyubi que una vez destruyó la aldea, y que el anterior líder de la misma tuvo que encerrar en su cuerpo siendo aún muy pequeño, a coste de su vida. Aunque sus compañeros no saben esto, tampoco le aprecian porque es mal estudiante y siempre está haciendo bromas. Sin embargo, la forma de actuar y la determinación de Naruto demuestran a los demás que puede llegar muy lejos, y el recelo de los otros chicos se va disipando. Naruto y sus compañeros Sakura y Sasuke, junto a su maestro Kakashi tendrán que enfrentarse a una serie de combates y misiones a lo largo de la historia que les permitirán mejorar y crecer. Naruto se vera enfrentado a sus principales enemigos Akatsuki, Itachi y Kisame.

Chise Hatori, 15 años. Perdida, sin esperanza y sin familia, la compran por dinero. Pero quien la compra no es otra persona, sino un hechicero no humano llamado Elias. Aunque al inicio duda, la joven comenzará una nueva vida como su aprendiz y futura esposa. Se muda y comienza a vivir una nueva vida pacífica, tranquila pero firme, hasta que un día encuentra un libro ilustrado japonés entre los muchos que le envía Angelica desde Londres. Es un libro que ella descubrió en sus años jóvenes, cuando todavía estaba sola y desamparada.

En un futuro lejano, ha nacido una nueva forma de vida bautizada como ‘houseki’ (“gemas”). Las 28 houseki, con diferentes cometidos como guerrero o médico, deben luchar contra los ‘tsukijin’ (“gente de la Luna”), que tienen como objetivo convertirlas en objetos decorativos. A pesar de su deseo de combatir a los tsukijin, Phos es una houseki sin ocupación hasta que Kongo, el jefe de las muchachas, le encarga editar una revista sobre historia natural.

La vida diaria en la ciudad transcurre sin complicaciones para Ritsu Shikishima, un nuevo estudiante de la Preparatoria Kishimai de la ciudad de Miyabi. Es aficionado a la psicología y seguidor de μ, la cantante virtual de moda que todos conocen. Nada perturbaba su paz, todo encajaba en su vida, hasta que un día una extraña sensación lo invade: algo falla en el mundo, algo no encaja.

Spin-off de Fate/stay night enfocado en la cocina.