Según cuentan los libros de historia, el 13 de Septiembre del 2000, un enorme meteorito chocó contra la Antártida, causando el derretimiento del Polo Sur y la consecuente inundación y destrucción de todas las ciudades costeras. A este evento crucial se lo denomino Segundo Impacto -El primero fue el que destruyó a los dinosaurios-. La Tierra atravesó luego de ello un estado de crisis y catástrofes naturales y más de mitad de la población humana murió. Han pasado 15 años desde el Segundo Impacto cuando Tokyo-3, es atacada por un misterioso ser orgánico gigante, sin embargo esto no parece ser una sorpresa para un selecto grupo de gente de una organización de la ONU llamada NERV. Ellos se refieren al enemigo como "Tercer Ángel" y han desarrollado unos enigmáticos robots gigantes llamados EVA con una particularidad, solo pueden ser piloteados por jóvenes de 14 años con caracteristicas no del todo claras.
Esta serie de acción y espionaje gira en torno a cinco chicas en la Londres del siglo XIX, en una ciudad del Reino Albion que se divide en este y oeste por un muro gigante. Las chicas trabajan como espías encubiertas matriculadas como estudiantes en la prestigiosa escuela Reina Mayfair. Allí utilizan sus habilidades individuales para mantenerse activas en un oscuro mundo de disfraces, espionajes, infiltraciones y persecuciones en coche.
La historia está protagonizada por Testa, un joven profesor universitario que es un genio de los idiomas. Un superior suyo, el sargento Rossa, lo presenta al departamento de criptoanálisis de los aliados. Allí Testa recibirá instrucciones de descifrar el código de los hombres lobo enemigos, el cual utilizan para encriptar sus transmisiones. Testa queda impresionado cuando descubre que el único sonido que producen las comunicaciones encriptadas es un aullido de lobo. Cuando su investigación no da frutos, decide capturar vivo a un hombre lobo para ayudarle en su criptoanálisis. Cuando ya no le quedan opciones para ello, tiene suerte y encuentra a una mujer lobo, Yonaga.
La serie gira en torno a una joven chica que lucha en los frentes de una guerra. Tiene el pelo rubio, ojos azules y una piel blanca, casi transparente, y es conocida por moverse como el viento en el campo de batalla. Ella es Tanya Degurechov y se encarga de dirigir al ejército. Solía ser una de las oficiales de élite en Japón, pero debido a la ira de un dios, renació como una niña pequeña. Tanya lo da todo por avanzar en su carrera militar y se convertirá en la hechicera más poderosa del ejército imperial.
