Es el último año en la Preparatoria Sakura para Yui Hirasawa, Ritsu Tainaka, Mio Akiyama, y Tsumugi Kotobuki, los miembros fundadores del Club de Musica Ligera. Junto a su joven miembro Azusa Nakano, que pasan sus días después de la escuela en la sala de música disfrutando del té, dulces y prácticar música
Hideki Motosuwa, quien decide abandonar el campo e irse a estudiar en Tokio para luego ir a la universidad, vive en un tiempo en el que las computadoras personales han sido desarrolladas para parecer y desempeñar funciones humanas, siendo llamadas como "Persocon". En su primer día, encuentra una de ellas tirada en la basura, tras lo cual se la lleva a su apartamento. Tras descubrir que es un modelo ‘especial’, denominado como Chobit, tiene descubrir su naturaleza a medida que se enfrenta a problemas comunes de adolescentes.
A pesar de proceder de una familia humilde, Haruhi Fujioka estudia en el prestigioso y exclusivo instituto Ouran. Un día, mientras busca una sala donde poder estudiar con tranquilidad, rompe accidentalmente un carísimo jarrón que pertenece al misterioso y prácticamente desconocido club, es el "Host Club", un club formado por 6 chicos guapisimos que se dedican a hacer compañía a las chicas que pagan por ello. los miembros deciden que Haruhi trabajará en el club hasta que devuelva los ocho millones de yenes que valía el jarrón.
Honda Toru es una estudiante que después de la muerte de su madre decide vivir sola en una tienda de campaña en el bosque, propiedad de la familia Soma. Una noche es encontrada por Yuki Soma, el "príncipe" de su escuela, este y su primo Shigure le piden que viva con ellos. Dentro de la casa conoce a Kyo, otro integrante de la familia Soma y la terrible maldición que pesa sobre ellos que consiste que al ser abrazados por el sexo opuesto se transforman en animales del zodiaco chino (a excepción de Kyo que es el gato).
Kasumi ha estado buscando algo tan brillante y emocionante como el "ritmo de las estrellas" desde que lo oyó cuando era niña mientras miraba el cielo nocturno. Un día, justo después de entrar a la preparatoria, se encuentra con una guitarra en forma de estrella en un antiguo almacén de una casa de empeño. Con esto, siente un nuevo tipo de emoción, y los sentimientos que siempre había encerrado dentro de sí empiezan a estallar. Otras cuatro chicas también han estado buscando un lugar en donde puedan brillar. Kasumi descubre que las cinco juntas pueden producir un sonido distinto a cualquier cosa que pudiera tocar ella sola. "¡Definitivamente nos presentaremos aquí!"
La historia base se centra en cuatro chicas que asisten a su primer año de preparatoria, en donde tenemos a Yui Hirasawa y su impaciencia en la búsqueda de un club del cual participar. Por otro lado tenemos a Ritsu Tainaka (baterista) quien le propone a su mejor amiga Mío Akiyama (bajista), inscribirse juntas en el club de música ligera del instituto, pero desafortunadamente se enteran que está próximo a ser cerrado debido a que todos sus miembros se habían terminado de graduar el año anterior. Debido a que el mínimo permitido para aprobar un club es de 4 integrantes, Ritsu y Mío tratan desesperadamente de conseguir que el club no sea cerrado, por lo que en el intertanto lograrán reclutar a Tsumugi Kotobuki quien les indica que solo sabe tocar Teclado. Esto significa que solo hace falta un miembro más para tener nuevamente el club en funcionamiento y es aquí donde luego de una larga espera Yui se decide finalmente por un club, precisamente el de música ligera y con esto salvándolo de la extinción. Desafortunadamente el club requiere de la pieza clave de toda banda musical: el guitarrista, y Yui no tiene experiencia alguna con ningún instrumento.
Aoba Suzukaze, una recién graduada en el instituto que suelen confundir con una chica mucho más joven por su aspecto. La historia comienza cuando nuestra protagonista se une como artista a la compañía de videojuegos que desarrolla su título favorito.
Quince años después de las vacaciones de verano. Si no hubiéramos ido al Mundo Digital. Si no hubiéramos hecho este viaje con los otros. Si no hubiéramos cambiado de esta manera. Estos Digimon siempre estuvieron con nosotros. Fuimos amigos todo el tiempo. Aprendimos la importancia de ayudarnos mutuamente. ¡Todas esas cosas nos hicieron como somos! Nuevas aventuras para todos los “Niños Elegidos” en el mundo.
Daichi Kakeru es un típico joven que vive su vida como alumno de secundaria y que cierto día se compra una lata de gaseosa de melón, sin saber que esta adoptaría la forma de una linda y vistosa chica a quien el chico llama "Melón". Conviviendo con la chica-lata, Kakeru conocerá a más "Akikan"s ("latas vacías"), que como Melón, poseen una apariencia femenina. El problema es que las chicas necesitan de dióxido de carbono para poder sobrevivir, y la fuente más práctica y rápida de adquirirlo es a través de un beso...
Kae Serinuma es el claro ejemplo de lo que se conoce como “fujoshi”, ¡cada vez que ve a dos chicos llevarse bien, le encanta sumergirse en sus fantasías salvajes! Un día, su personaje favorito de un anime muere y el impacto la deprime tanto que llega a perder muchísimo peso. Tras ello, los cuatro chicos más guapos de su instituto le piden salir, pero eso a ella no le interesa en lo absoluto… ¡preferiría verlos salir entre ellos!
La historia se ambienta en una ciudad de estudiantes superhumanos científicamente avanzados y en un mundo donde la magia es real. La mano derecha de Toma Kamijo, el ?Imagine Breaker? negará toda la magia, poderes divinos o mentales, pero no su propia suerte. Un día encuentra una chica joven colgando de su balcón que resulta ser una monja de la iglesia de Inglaterra en cuya mente ha sido implementado el índice ?Librorium-Prohibitorum?, es decir, todos los libros y textos sobre magia que la iglesia quitó de la circulación.
Kamijo Touma vive en Academy City, una ciudad dedicada a los experimentos científicos y a la formación académica en donde la mayoría de los ciudadanos son estudiantes, y un porcentaje importante de los edificios son escuelas de diferentes niveles. Una serie de acontecimientos atípicos llevan a Touma a descubrir la existencia de Neccesarius, una organización religiosa que usa la magia y que es una fuerza opositora a los Espers del "lado de la ciencia" de Academy City, los que usan poderes psíquicos. En el marco de una serie de conflictos entre magos y psíquicos, Touma conoce gente que cambia su vida, como su compañera inseparable Index, y deberá tomar decisiones que decidirán la victoria de uno u otro bando. Pero a Touma no le importa la ideología de ninguno y lo que hace es por proteger a las personas importantes para él. En esta es la segunda temporada de "To Aru Majutsu no Index", Touma ya cuenta con aliados de ambos bandos.