En la historia original, el joven Yugi Mutou resuelve el misterio de un antiguo artefacto egipcio conocido como el Rompecabezas del Milenio y es poseído por un espíritu con una gran pasión por los juegos. En adelante, él y sus amigos deben enfrentarse a los peligrosos Juegos de las Sombras para recuperar los recuerdos del espíritu.
La historia se encuentra en un mundo paralelo donde Japón no privatiza sus líneas de ferrocarriles nacionales. Naohito Takayama es una gran chica de la escuela publica que sueña con un futuro cómodo trabajando para los top-rated de la compañía japonesa de Ferrocarriles Nacionales. A este se le asigna como aprendiz en el cuerpo de las Fuerzas de Seguridad de los Ferrocarriles Nacionales, llena de personajes extraños como Sakurai, una alborotadora que odia a los hombres. Además de eso, un grupo extremista denominado "RJ" lucha para privatizar las líneas de Ferrocarriles Nacionales de Japón.
Yusuke Urameshi, un chico de catorce años un poco gamberro es atropellado por un coche cuando intentaba salvar la vida de un niño pequeño. Al ser atropellado, no sobrevive y muere. Entonces es cuando Botan le dice que su muerte no estaba prevista asi que no va ni al cielo ni al infierno, por lo cual se queda en la tierra como fantasma. Botan le dice de hacer una prueba para volver a la vida, la consigue superar y entonces es cuando le encomiendan la tarea de ser detective espiritual, con lo cual tendrá que resolver varios casos utilizando poderes espirituales que le dan.
Incluirá una nueva historia que se desarrollará un año después del episodio final de la serie junto a una nueva versión de la historia narrada desde el punto de vista de Menma.
Las personas no nacen igual. El protagonista de esta historia es uno de esos casos raros que nacen sin superpoderes, pero esto no le impedirá perseguir su sueño: ser un gran héroe como el legendario All-Might. Para convertirse en el héroe que quiere ser, se apuntará a una de las academias de héroes más prestigiosas del país: Yueiko. Con la ayuda de su ídolo, All-Might, ¿podrá convertirse en un verdadero héroe?
La historia se centra en las costas de Japón, específicamente en Maiami City donde los duelos de monstruos son una gran fiebre gracias a la Corporación León que está bajo el control de su presidente Akaba. Los niños quieren ser unos grandes duelistas, así que aprenden todo lo básico en diferentes colegios, incluyendo el Yusho Juku donde están Yuya y Yuzu y la escuela más grande, el Leo Duel School (LDS). Pero un dia, Yuya terminará enfrentándose en un duelo de exhibicion ante el actual campeón del mundo de duelos profesionales.
El lazo de los tres hermanos - (La milagrosa reunión y la resolución heredada) repasará la infancia de los tres hermanos Luffy, Ace y Sabo y también cómo llegó hasta el reino de Dressrosa y su reunión con Luffy desde su punto de vista, una escena que no se muestra en el manga original.
La historia trata de Jaden Yuki , quien hace su examen para entrar en la Academia de Duelos, donde se aprende a jugar el Duelo de Monstruos para llegar a convertirse en el Rey de los Juegos.La academia está dividida en tres cuartos: Obelisco Azul, Ra Amarillo y Slifer Rojo y el Cuarto Blanco(usado por los adeptos de Sartorius, el cual solo aparece en la 2da temporada). Al ir a su examen, Jaden se tropieza con un adulto Yugi Muto, quien le regala la carta, Kuriboh Alado. A pesar de llegar un poco retrasado, a Jaden se le permite hacer el examen de ingreso, tocándole como rival el Dr. Crowler, uno de los profesores de la academia de duelo, quien cuenta con un doctorado en duelos. A pesar de que Crowler parece llevar la ventaja desde el principio, Jaden logra vencerlo y así ingresar. A pesar de haber vencido a Crowler, Jaden es enviado a Slifer Red debido a sus malas calificaciones en el examen teorico.
Kamui es un ninja del período Edo durante el gobierno del cuarto miembro del Shogunato Tokugawa, Ietsuna Tokugawa entre 1651 y 1680, que decide desertar de su clan. Al hacerlo es acosado por los demás miembros del mismo; quienes quieren matarlo por considerarlo un traidor. Por eso Kamui debe vagar constantemente por Japón para escapar de ellos y usar toda su inteligencia y grandes habilidades para sobrevivir. En el transcurso de la serie Kamui comienza a sufrir de paranoia como consecuencia de su situación de perseguido. Kamui desconfía de la gente al creer que todos ellos quieren asesinarlo. La serie transcurre en tonos grises y un ambiente triste, quizás reflejando la miseria, pobreza y violencia de este período en especial de la historia de Japón.
La revolución industrial ha terminado y el mundo está siendo consumido por una nueva tecnología y nuevas máquinas. Un joven científico, Jean, ve a una guapísima chica de color mientras se encuentra en Francia, la sigue y termina metiéndose en problemas. Mientras tanto, una mujer y sus dos matones están tras el amuleto de la chica, llamado Piedra Azul. La chica, Nadia, escapa con Jean. De esta forma, los dos intentarán evitar que los malvados se apoderen del amuleto.
Secuela de la serie que involucró al pobre Natsuru Sennou en un juego donde guerreras llamadas Kampfer deben luchar para sobrevivir.
La historia de Ballroom e Youkoso se centra en el estudiante Tatara Fujita, que quiere ser bueno en algo, en cualquier cosa. Por desgracia, es tan mediocre como cualquier otro adolescente. Los matones del barrio lo saben y por eso aprovechan cualquier ocasión para sacarle dinero, pero esto cambia cuando el caballeroso Kaname Sengoku se encuentra con ellos y los echa. Sengoku resulta ser un bailarín de salón profesional y una vez que Tatara Fujita termina metido en el mundo de los bailes de salón, su vida nunca volverá a ser la misma.