Fairy Tail cuenta la historia de un joven mago llamado Natsu en la búsqueda de su maestro y padre adoptivo Igneel que resulta ser un dragón. Por ello se unió a Fairy Tail, un gremio de magos que es famoso por los destrozos y daños que provocan en diversas ciudades (lo cual no debería ser así). El mundo de Fairy Tail gira alrededor de los magos (los cuales poco tienen que ver con la idea general del mago común) que realizan encargos a cambio de dinero, similar a un cazarecompensas. Natsu conoce a Lucy, una guapa muchacha cuyo sueño era ingresar a un gremio de magos, específicamente, a Fairy Tail, lo cual consigue gracias a la ayuda de Natsu. De ahí en adelante, la historia sigue los movimientos de esta pareja de magos los cuales se ven envueltos en un sin número de aventuras antes de conseguir la meta final de encontrar a Igneel.
Una misteriosa chica llamada Éclair aparece ante Fairy Tail. Ella ha perdido todos sus recuerdos, excepto la orden de enviar dos Hōōseki (Rocas Fénix) a algún lugar. Sin embargo, las rocas podrían causar el colapso del mundo mágico.
En la historia, cada personaje recibe un sobre, Izayoi Sakamaki, Asuka Kudou y You Kasugabe, cada uno de ellos posee grandes poderes Psíquicos por lo que se aburren de la vida diaria. Cuando ellos abren su sobre, se sorprenden al ver que el paisaje que los rodea cambia por uno totalmente desconocido. Ellos han sido convocados por Usagi Kuro para ayudarla a derrocar al Rey Demonio de la comunidad ?No Name?.
En Ikebukuro, un distrito de Tokio. Los Punks adolescentes se unen en la lucha de uno contra el otro. Los gángsteres tienen miedo de una leyenda urbana llamada "Dullahan", un jinete sin cabeza, que monta una motocicleta negra sin luces delanteras o sonidos de motor. Ryuugamine Mikado es un muchacho de instituto normal que busca a seres peculiares. Cuando él se trasfiere a Ikebukuro otra escuela en la ciudad, un loco se pelean por la cabeza de omisión(de acción de echar de menos) de Dullahan estalla.
