Hajime Nagumo es un otaku promedio de diecisiete años. Sin embargo, su vida cambia totalmente cuando él y el resto de su clase, son convocado a un mundo de fantasía. Son tratados como héroes y tienen la tarea de salvar a la raza humana de la extinción total. Pero lo que debería haber sido el sueño húmedo de cualquier otaku rápidamente se convierte en una pesadilla. Mientras que el resto de su clase es bendecido con poderes divinos, Hajime es un Synergist, que solo tiene una sola habilidad de transmutación. Ridiculizado y acosado por sus compañeros de clase por ser débil, pronto se encuentra en la desesperación. ¿Será capaz de sobrevivir en este peligroso mundo de monstruos y demonios?
Yuuta Togashi, un chico que solía sufrir de "chuu-2 byou" y Rikka Takanashi, que todavía tiene el síndrome, formarán un vínculo verdadero entre ambos, es decir, que comenzarán a salir. Se encuentran disfrutando de la vida, o al menos deberían. Sin embargo, Satone Shichimiya, o "Sophia Ring SP Saturn VII" como le gusta que la llamen, una amiga de Togashi y que sufre del "chuu-2 byou" como nadie, aparece de repente y pone patas arriba la vida del muchacho. Así comenzará la batalla entre "Saturn" y "Jaou Shingan".
La muy ordinaria oficinista Azusa Aizawa muere de repente por cansancio. Debido a esta razón, decide vivir una vida tranquila en las montañas como una bruja inmortal en un cuerpo de 17 años, después de reencarnar. Su fuente principal de recursos llega de derrotar a los slimes que abundan en el área para conseguir piedras mágicas, la cuales vende al Gremio en el pueblo. Además de eso, suele crear hierbas medicinales. Todo lo anterior le hace ganar el nombre de “Bruja de las Montañas”, y vive hasta el momento recibiendo respeto y confianza de las personas. No obstante, después de derrotar slimes por más de 300 años, su experiencia se ha acumulado tanto que alcanzó el nivel 99, por lo que es la bruja más poderosa de todo el mundo.
La historia sigue al sereno Makoto mientras navega por la vida de constante pandillas dado que su amigo, King, es el líder de los G-Boys. Makoto ve la oportunidad de convertirse en un solucionador de problemas para la pandilla, como una forma de mantener la calma y proteger a sus amigos. Pero cuando alguien cercano a él muere y una pandilla rival comienza una guerra por el territorio, a Makoto le resultará difícil quedarse callado.
En esta historia, hace mucho tiempo las regiones de Kanto y Kansai tuvieron una guerra que dividió el mundo. Pero al final de la guerra, Kansai perdió y juró lealtad a Kanto. No obstante, el gobierno y la fuerza policial de Kansai no aceptaron la derrota, por lo que el crimen dominó la región. A estos criminales se les conoce como “Akudama”…
Pasados dos años y medio de entrenamiento con Jiraiya, Naruto Uzumaki regresa a la aldea oculta de la hoja, donde se reúne con sus viejos amigos y conforma de nuevo el Equipo 7. Debido a la ausencia de Sasuke, aparece un nuevo personaje llamado Sai el cual retoma su lugar.
En esta secuela podremos notar como los compañeros de Naruto han madurado con respecto a su desempeño previo, mejorando la mayoría de estos en su nivel. Durante su entrenamiento con Jiraiya, Naruto aprendió a controlar un poco de la chacra del Kyubi.
Lo contrario a la serie original, dónde sólo desempeñó un papel secundario, la organización Akatsuki asume el papel antagónico principal en Naruto Shippuden, buscando como objetivo principal el capturar a todos los poderosos monstruos Biju.
Una historia épica de piratas, donde narra la historia de "Monkey D. Luffy" quien cuado tenia 7 años, comió accidentalmente una "Akuma no mi"(Futa del diablo) la cual le dio poderes de goma. Por otra parte "Gol D. Roger" conocido como "El rey de los Piratas" quien fuera ejecutado por la Marine, habló antes de morir, acerca de su famoso tesoro "One Piece" escondido en la "Gran line". Esta noticia desato la gran era de la piratas lanzando a incontables piratas a ese lugar, en busca de "One Piece" el tesoro perdido. Diez años después, Luffy inspirado en "Gol D. Roger" y un pirata de nombre Akagami no Shanks (Shanks el pelirrojo) se convierte en pirata deseando ser el próximo "Rey de los Piratas" y zarpar para conocer amigos y tener aventuras con ellos, teniendo como meta encontrar el "One Piece".
Yuma es una estudiante de segundo de preparatoria/instituto que disfruta de la vida con su primer novio. Lo logró gracias a los consejos de su buena amiga Hotaru, quien ha tenido muchos novios, pero poco a poco los consejos para que la ayude con su nuevo novio deriva en que ambas experimenten cosas que con sus novios no pueden experimentar. Esta relación secreta entre Yuma y Hotaru comienza a subir de nivel poco a poco, y Yuma acaba viéndose incapaz de negar lo que siente cuando está con Hotaru. Las dos chicas continuarán con su relación mientras mantienen las que tienen con sus novios.
La historia sigue a un muchacho de instituto llamado Akihito Kanbara que aunque parece normal, es un medio yomu, lo que le hace invulnerable a las heridas debido a que se cura muy rápido. Un día Akihito conoce a una novata llamada Mirai Kuriyama cuando esta parece que está a punto de saltar de la azotea del instituto. Mirai se siente sola por su habilidad para manipular la sangre, algo único incluso entre aquellos con poderes sobrenaturales. Tras impedir Akihito que Mirai salte, comienzan a ocurrir extraños eventos.
Un día yendo en autobús, Sakura Sakurakouji ve por la ventana a un montón de gente ardiendo viva entre llamas azules mientras un chico de su edad que está junto a las víctimas les mira con indiferencia. Cuando al día siguiente decide volver para comprobar la zona y descubrir qué era lo que vio, no encuentra rastro alguno de asesinato. Cuando vuelve a clase, descubre que un nuevo estudiante trasladado llamado Oogami Rei se parece demasiado al chico que vio con las llamas azules y encima lleva un sospechoso guante solo en la mano izquierda. Oogami resulta ser un Code Breaker, una persona que ?no existe? según el gobierno y que es en apariencia un asesino a sangre fría que usa el principio del ?ojo por ojo? contra todos los malechores. Convencida de que el asesinato no está bien, Sakurakouji intentará detener a Oogami y penetrar en su corazón de hielo.
En el juego, los jugadores sigue la historia de un caballero en entrenamiento que busca resolver el misterio detrás de la muerte de su hermano. En el camino se reencuentra con su amiga de la infancia y sacerdotisa Frey, a la maga Cleo y a su guardaespaldas Roy.