La historia se centra en Kanata Age, un muchacho que vive en la academia flotante de la ciudad de Misutogan. El que fuese laureado como el “Maestro de la espada oscuro” como el líder del equipo S128, es ahora tachado de traidor y por eso es relegado como instructor a uno de los peores grupos de la academia, el equipo E601, compuesto por las chicas Misora Whitale, Lecty Eisenach y Rico Flame que van a darle más de un dolor de cabeza.
Un día, un misterioso virus apareció en la Tierra y liquidó a todos los humanos infectados sobre 13 años. Al mismo tiempo, los vampiros emergieron de lo más profundo del mundo y de la humanidad esclavizada. Hyakuya Yuuichirou, un joven que junto al resto de los niños de su orfanato son tratadas como ganado por lo vampiros. Incluso cautivo, Yuuichirou tiene una gran meta. Él sueña con asesinar a los vampiros. Él sueña con asesinarlos a todos.
El protagonista de esta historia, Yuu Haruna, un chico al que le encanta usar Twitter, acaba de mudarse a la ciudad con sus hermanas después de que sus padres se marchasen al extranjero por motivos de trabajo. Una noche, mientras sale a comprar la cena, se topa con una misteriosa chica, llamada Fuuka Akitsuki, la cual le rompe su teléfono creyendo que iba a fotografiarle su ropa interior. Así da inicio un encuentro que cambiará sus vidas.
La historia trata sobre una academia llamada Ousai, que antes solía ser solo para señoritas pero que recientemente comenzó a aceptar estudiantes de ambos sexos. Sin embargo los varones en esa escuela son solo 28 mientras que hay 524 mujeres. Takatoshi Tsuda es un estudiante que es empujado a convertirse en el vice presidente del consejo de alumnos, en el cual él es el único hombre
Invertia, la catástrife astral que aniquiló muchas ciudades en el siglo XX, supuso también el nacimiento de una nueva raza de humanos con habilidades especiales: los Genestella. Al mismo tiempo, se encontró un elemento especial en el interior del meteoro, "maná", que ayudó a que la humanidad diera un salto tecnológico. En Rikka, la ciudad académica sobre el agua, el "Asterisk" como muchos la llaman, estudiantes de seis escuelas se preparan para un torneo que se celebra anualmente y que enfrenta a los mejores estudiantes. Ayato Amagiri, de la Academia Seidoukan, se enfrentará al reto acompañado de Julis, la Bruja de las Llamas Resplandecientes.
La historia gira en torno a los Caballeros Mágicos, usuarios modernos de la magia que luchan con sus propias almas convertidas en armas. Ikki Kurogane asiste al colegio de estos caballeros, pero resulta ser el “caballero fallido” o “el peor caballero” que está fracasando por no tener habilidades mágicas. Sin embargo, un día es retado a duelo por Stella, una princesa extranjera y la estudiante número uno del colegio. En este duelo, “el perdedor tiene que ser obediente hacia el que gane por el resto de su vida”.
En el siglo pasado, la humanidad fue atacada por un desastre sin precedentes... el impacto “Invertia”. El mundo fue completamente destruido. Sin embargo, los humanos adquirieron un nuevo poder: el “Genestella”.
La historia nos lleva a través de las aventuras de Tatsumi, un joven boxeador que viajó a la capital imperial para unirse al ejército. Sin embargo, descubre que la ciudad está dañada por el ansia de poder de los funcionarios, que se aprovechan de la falta de experiencia del emperador para gobernar a su antojo. Después de tener cierto encuentro, Tatsumi se encuentra involucrado dentro de un grupo de asesinos en la sombra llamados "Night Raid", luchando contra la tiranía de la Ciudad Imperial...
En un futuro cercano, los humanos han sido derrotados por unos parásitos virales llamados Gastrea. Los sobrevivientes han sido exiliados en un pequeño territorio viviendo entre la desesperanza y el miedo. Rentaro, un joven que vive cerca de Tokio, miembro de la “Seguridad Civil”, una organización especializada en la lucha contra los Gastrea, quien tiene particularmente a cargo el cumplir con tareas sumamente peligrosas. El junto a su pareja, la bella y joven Enju, son capaces de luchar contra estos parásitos gracias a sus peculiares poderes. Hasta que un día ambos reciben una peligrosa asignación especial del gobierno: evitar la completa destrucción de Tokio.
Un día yendo en autobús, Sakura Sakurakouji ve por la ventana a un montón de gente ardiendo viva entre llamas azules mientras un chico de su edad que está junto a las víctimas les mira con indiferencia. Cuando al día siguiente decide volver para comprobar la zona y descubrir qué era lo que vio, no encuentra rastro alguno de asesinato. Cuando vuelve a clase, descubre que un nuevo estudiante trasladado llamado Oogami Rei se parece demasiado al chico que vio con las llamas azules y encima lleva un sospechoso guante solo en la mano izquierda. Oogami resulta ser un Code Breaker, una persona que ?no existe? según el gobierno y que es en apariencia un asesino a sangre fría que usa el principio del ?ojo por ojo? contra todos los malechores. Convencida de que el asesinato no está bien, Sakurakouji intentará detener a Oogami y penetrar en su corazón de hielo.
