La historia narra la vida de una familia residente en la ciudad de Kure (Hiroshima) durante la II Guerra Mundial. Allí conocemos a Suzu Urano, una joven esposa que se muda a la ciudad de Kure desde un pequeño pueblo pesquero tras casarse con Shusaku Hojo, un oficial de la marina que le propone matrimonio y al que conoce desde que eran niños. Suzu preservará con gran determinación y valor a través de esa dura época del país.
Mahiru, la amiga de la infancia de Itsuki, le estaba confesando un secreto enorme cuando son transportados a otro mundo. Una vez allí, descubrirán una realidad totalmente sorprendente. Ambos han sido elegidos como Visitantes para salvar el mundo de Granvania, donde cada uno tiene una misión muy especial. Ella es una de las 12 doncellas celestiales, mientras que él... debe practicar el sexo con ellas para engendrar hijos de las estrellas que limpien el mundo de las impurezas que amenazan con destruirlo.
Gojo es un estudiante de preparatoria/instituto que quiere convertirse en kashiragi, un maestro del tradicional arte de crear muñecas Hina. Aunque adora ese arte, no sabe nada de las últimas tendencias y eso hace que le cueste encajar con sus compañeros de clase. Los más populares de la clase, en especial una chica llamada Marin Kitagawa, parecen creer que él vive en un mundo aparte. Todo esto cambia por completo un día cuando Marin comparte un secreto inesperado con él y hace que sus dos mundos coincidan.
En el año 1600, la decisiva batalla de Sekigahara se llevó a cabo.
En la prefectura de Satsuma, el comandante de la familia militar Shimazu, Toyohisa Shimazu, logró escapar de las garras de la muerte después de retirarse del campo de batalla y perderse por las montañas.
En medio del aguacero, termina metiéndose en un cuarto que era como una especie de pasillo infinito con muchas puertas. En este lugar, Toyohisa es lanzado por una de las puertas sin antes poder preguntarle nada al hombre misterioso, Murasaki.
Ahora está en un mundo regido por el reinado Orte. Este es un mundo donde los humanos viven junto a los demi-humanos. Junto a los héroes de guerra Nobunaga Oda y Yoichi Nasu que han llegado de igual forma pero de otros tiempos, Toyohisa deberá aplicar su habilidad de samurai para enfrentar el campo de batalla de este nuevo mundo.
Es el año 2199. La última flota de la Tierra va a una misión en Plutón donde es destruida por alienígenas. El Almirante Okita es herido al cumplir la mision llamada "Operación M", donde el objetivo era distraer al enemigo y cambiar su posición. En la misión murió el hermano de Kodai Susumu, un joven soldado que en Marte encuentra un dispositivo que al parecer lleva un mensaje. Mientras tanto el Almirante Okita no se rendira hasta liberar a la humanidad de este enemigo extraterrestre que lucha con ellos desde hace ocho años.
La historia da comienzo cuando Yggdrasil, un popular juego online, es cerrado un día sin previo aviso. Sin embargo, el protagonista, Momonga, decide no salir del juego. Momonga así se transforma y se convierte en “el mago más poderoso”. El mundo sigue cambiando con él dentro, y los NPCs comienzan a sentir emociones. Sin familia, amigos ni lugar en la sociedad, Momonga tendrá que luchar por adaptarse al nuevo mundo en el que se ha convertido el juego.