La historia gira en torno a los Caballeros Mágicos, usuarios modernos de la magia que luchan con sus propias almas convertidas en armas. Ikki Kurogane asiste al colegio de estos caballeros, pero resulta ser el “caballero fallido” o “el peor caballero” que está fracasando por no tener habilidades mágicas. Sin embargo, un día es retado a duelo por Stella, una princesa extranjera y la estudiante número uno del colegio. En este duelo, “el perdedor tiene que ser obediente hacia el que gane por el resto de su vida”.
Después de despertarse de un largo sueño criogénico, el estudiante de secundaria Akira Himegami se encuentra en un mundo que ya no reconoce. La ciudad está en ruinas debido a la guerra, la sociedad ahora está gobernada por una organización llamada OWEL, y el matrimonio tradicional ha sido reemplazado por un nuevo sistema conocido como "Elsie".
Mientras Akira lucha por comprender este futuro drásticamente cambiado, una figura familiar aparece ante él: Yuugure, que guarda un fuerte parecido con su novia Towasa. Para su sorpresa, Yuugure sonríe suavemente y propone: "Akira... por favor cásate conmigo."
Confundido por su repentina propuesta, Akira acepta viajar con Yuugure, aferrándose a la esperanza de que en algún lugar de este mundo, la verdadera Towasa todavía esté viva.
A lo largo de su viaje, encuentran las formas cambiantes del amor en esta nueva era y reflexionan sobre lo que realmente significa su vínculo.
Cuando Light es expulsado del Concordato de las Tribus, sus antiguos camaradas se vuelven instantáneamente en su contra. Light escapa de este acto diabólico de traición por un pelo... ¡solo para encontrarse en la parte más profunda del Abismo, la mazmorrra más peligrosa del reino! Para evitar ser devorado por monstruos carnívoros, utiliza el Gacha Ilimitado, su única habilidad mágica. Pero donde antes solo producía objetos inútiles, esta vez aparece Mei, ¡una magnífica luchadora de nivel 9999 vestida de sirvienta! Avancemos tres años y Light ha forjado su propio reino en esta remota mazmorra, invocando más bellos guerreros de nivel 9999 que le juran lealtad absoluta. Ahora, siendo un poderoso Señor Oscuro de nivel 9999, Light planea ascender a la superficie y vengarse de sus traidores uno a uno.
En la Francia del siglo XV, durante la Guerra de los Cien Años contra Inglaterra, Montmorency, el hijo de un noble, se sumerge en el estudio de la magia y la alquimia en una escuela para caballeros. Sin embargo, tras la derrota de Francia en Agincourt, la escuela cierra y el joven se ve obligado a escapar. En su huida conoce a una chica llamada Jeanne, que vive en una aldea y tiene un aura milagrosa.
En plena época de los samurái, los alienígenas (conocidos como Amanto) invadieron Japón y, pese a la resistencia de varios fieros guerreros Joui, consiguieron tomar el país, llevando a Edo hasta una etapa de esplendor medio futurista. En medio de todo esto está Gintoki, samurái que luchó en la guerra contra los Amanto, pero que ahora se dedica a hacer cualquier trabajo que se le encargue en la Yorozuya, su oficina de chico para todo.
Takuya Arima es un joven estudiante cuyo padre, un historiador que ha realizado varias investigaciones, desapareció recientemente. Durante las vacaciones de verano, Takuya recibe un paquete peculiar de su padre desaparecido, junto con una carta que contiene información sobre la existencia de varios mundos paralelos. Al principio, Takuya no lo toma en serio, pero pronto se da cuenta de que posee un dispositivo que le permite viajar a dimensiones alternativas. ¿Está vivo su padre, después de todo? Si es así, ¿dónde está?