La historia de Black Clover nos pone en la piel de un joven llamado Asta, el cual quiere convertirse en el mago más grande del reino. Sin embargo, hay un inconveniente: ¡no puede usar magia! Por suerte, Asta recibe el grimorio trébol de cinco hojas, que le otorga el poder de la anti-magia. ¿Puede alguien carente de magia convertirse en el Rey Hechicero? Una cosa está clara, Asta nunca se rendirá.
Satoru Mikami es un hombre de 37 años que tiene un trabajo que no le gusta, sin salida y que no es feliz con la vida que lleva, pero cuando muere a manos de un ladrón y piensa que es su fin, se despierta descubriendo que se ha reencarnado en un mundo de magia y espada… ¡pero como un slime! Ahora tendrá que acostumbrarse a su nueva vida, aunque por suerte contará con dos habilidades únicas que le ayudarán a sobrevivir: una que le proporciona una gran comprensión de todo lo que le rodea, y otra que le permite copiar las habilidades de sus oponentes.
Una organización llamada Chronos gobierna en las sombras a gran parte de los políticos y las actividades económicas en busca del orden. Sus miembros asesinan sin piedad a todo lo que vaya mal o se oponga a ellos. La historia comienza cuando Train, conocido como Black Cat, uno de los asesinos más poderosos de la organización conoce a una extraña mujer que siempre viste un kimono llamativo y ablanda su corazón. Entonces decide no volver a recibir órdenes de nadie ni matar sin motivo y abandona la organización siendo perseguido por esta. Entonces conoce a Sven un caza-recompensas muy peculiar y comienzan a trabajar como caza-recompensas junto a él y a la niña que este cuida, una misteriosa niña con poderes sobrenaturales basados en la nanotecnología y creada artificialmente.
La serie narra las aventuras de una compañía de transportes, no muy favorecida a ojos de la ley, establecida en la ciudad ficticia de Ruananpur, en Tailandia. Se centra en el conflicto interno de Okajima Rokuro (Rock). Éste es un ejecutivo de una empresa japonesa que es secuestrado por la organización Black Lagoon, y que decide pasarse a sus filas después de ver la humillación de sus jefes y el sistema al cual pertenece. Cerca de él se encuentra Rebeca (Revy "Two-Hands"), una joven china-americana muy buena con el manejo de armas pero bastante intolerante; ella protegerá a Rock a pesar de todo los sucesos que se presentan. Los acompañan Dutch, el jefe de Black Lagoon, y Benny, un experto en informática y sistemas de comunicación.