Secuela de la primeta Pretty Rhythm en la que las cinco chicas intentarán saltar a la fama con la ayuda de sus tutoras, las protagonistas de la primera serie y que consiguieron el éxito tres años atrás.
a historia es protagonizada por Lala, una chica que quiere convertirse en una idol en PriPara, un deporte que juzga a las chicas por su forma de cantar, bailar y sentido de la moda. La invitación para participar se consigue mediante un ticket PriPara, aunque a las chicas de su edad no se las deja ser idols. Sin embargo, tras muchas cosas, consigue superar las audiciones y se convierte en idol.
La historia gira en torno a Shoko Nishimiya, una estudiante de primaria que es sorda de nacimiento y que al cambiarse de colegio comienza a recibir acoso escolar por parte de sus nuevos compañeros. Uno de los principales responsables es Ishida Shouya quien termina por forzar que Nishimiya se cambie de escuela. Como resultado de los actos contra Shoko las autoridades del colegio toman cartas en el asunto y el curso señala como único responsable a Ishida, quien comienza a sentir el acoso impuesto por sus propios compañeros, al mismo tiempo que termina aislándose de los que alguna vez fueron sus amigos. Años después, Ishida intenta corregir su mal actuar, buscando la redención frente a Nishimiya.
La historia gira alrededor de dos muchachas, Nagisa Misumi y Honoka Yukishiro, que luchan contra La Zona Dotsuku - una dimensión malvada que usurpó en el Jardín de la Luz. Las acciones de La Zona Dotsuku hicieron necesaria la fuga de dos guardianes del Jardín de la Luz, unas criaturas llamadas Mipple y Mepple. Ellos sirven como fuente de información para la serie, y generalmente se encuentran dentro de los dispositivos de transformación de las chicas, que son parecidos a teléfonos móviles. Durante cortos períodos de tiempo pueden transformarse en sus verdaderos cuerpos e interactuar con los demás. Inicialmente los tienen Cure White y Cure Black mientras buscan las Piedras Prisma, que colocan en un dispositivo conocido como Corazón de Prismas. El Corazón de Prismas es protegido por el Guardián, Wisdom. Una vez descubren todas las Piedras Prisma, su poder las lleva al Jardín de la Luz y repara la mayor parte del daño hecho por La Zona Dotsuku.
Doremi era una niña normal hasta que un día vio a una bruja hacer magia y, como consecuencia, ésta se transformó en una "rana-bruja". Doremi es la única que puede devolverla a su forma original así que se hace aprendiz de bruja. Hazuki y Aiko, unas compañeras suyas de la escuela, la descubren y se convierten también en aprendices. A medida que avanza la trama se van uniendo más chicas al grupo.
Cuando Jin se mudó desde Tokio a Nagoya su esperanza era ver cuán diferente era la cultura de la nueva región en la que viviría, pero para su desgracia, todo era demasiado similar a lo que ya había visto... hasta que conoció a Yatogame, una chica de su escuela cuyo marcado acento de Nagoya solo es comparable con su amor por la región. ¡Es el toque de Nagoya que Jin buscaba en su vida!
