Japón creó un exoesqueleto armado impulsado, el Infinite Stratos (IS), y esto se hizo la corriente principal de armas. Sólo las mujeres pueden hacer funcionar el IS, ya que las mujeres dominan la sociedad sobre hombres. Orimura Ichika es un muchacho de 15 años y por casualidad toca un IS colocado en la escuela de entrenamiento pilota para IS. Él es la única persona que puede ocupar al IS y forzó para entrar en la escuela de entrenamiento. La vida ocupada de la escuela de Ichika rodeada por muchachas ha comenzado.

En Europa Occidental durante tiempos de guerra, Eleanor “Ellen” Vertalia, una de las Vanadis de Zchted, dirige la batalla en Brune. Allí hay, siete Vanadis, nombrados así por obtener una poderosa arma del dragón para reinar individualmente siete territorios. El poder de los Vanadis invoca el terror y el miedo de sus enemigos. Un conde al servicio del país de Brune, un joven arquero bajo el nombre de Tigre, experimentó de primera mano el poder Vanadi después de ser derrotado en el campo de batalla por Ellen. Sin embargo, Ellen escogió perdonar su vida después de haber notado sus habilidades, pero a cambio, le pide que le sirva

Durante el siglo 20, junto con los avances tecnológicos, los científicos fueron capaces de desarrollar magia sofisticada. La combinación entre la ciencia y la hechicería dan como resultado el Machinart, circuitos elaborados a partir de hechizos que se colocan en objetos para darles vida e incluso personalidad. Fue desarrollado como un arma militar y ahora se ha extendido por todo el mundo. Raishin Akabane es el protagonista de esta historia, un joven titiritero japones que viaja hacia la Real Academia de Machinart de Inglaterra, Walpurgis, para estudiar en ella. Acompañado por la bella adolescente Yaya, quien es en realidad una autómata especializada en el combate cuerpo a cuerpo creada por el propio Raishin, planea alzarse como el mejor estudiante de su clase. En la Academia, hay un torneo de combate exclusivo a los mejores 100 estudiantes y sus autómatas, para decidir a quién se le otorga el título de Sabio, el más grande titiritero.

La historia gira en torno a Fudou Nomura, un joven que es enviado a la Academia Privada Aichi Symbiosis. Originalmente, la academia era exclusiva para chicas de la alta sociedad. Sin embargo, al volverse mixta, las chicas presas del miedo solicitaron portar armas dentro de la escuela. Tras recibir la aprobación, fue fundada la “Five Ruling Swords”, una organización cuyo fin es el de proteger a las chicas y corregir a los estudiantes “problemáticos”. Poco después de haber ingresado, Fudou se convierte rápidamente en el objetivo de Rin Onigawara, miembro de las Five Ruling Swords. Para intentar librarse de ellas, Fudou deberá derrotar a cada una de las “espadas”.

Como un niño obeso, Makabe Masamune sufrió del implacable acoso y la burla de una chica en particular, Aki Adagaki. Decidido a vengarse algún día de ella, comienza con un riguroso régimen de superación y transformación personal. Años más tarde, resurge como un hombre nuevo: atractivo, popular, con notas perfectas y bueno en los deportes. Masamune se matricula en el mismo instituto de Aki, dispuesto a hacerle pagar por todas las humillaciones que sufrió años atrás. Pero ¿será la venganza tan dulce como él pensaba?

Un chico llamado Hiro Hiyorimi se acaba de mudar a la ciudad para conocer a su hermana. Mientra caminaba bajo la acera, es herido de gravedad, agonizando apunto de morir es encontrado por una joven y hermosa mujer con ropa gótica. esta lo revive y lo deja en el hospital, Hiro despierta confundido por lo ocurrido y viendo a la chica como mata a una criatura lobo. Ella toma a Hiro como su sirviente y se presenta ante el como una princesa. De ahí en adelante Hiro la ayuda a matar criaturas que son enviados por sus hermanos para atacarla.

Sin nada que perder, el estudiante corrientón Haruka Shinozaki se confiesa a la preciosa y diligente delegada de la clase, Akiho Kosaka. Para su sorpresa, la chica acepta. Kosaka se toma las citas de forma tan seria como se lo toma casi todo, pero parece que no termina de pillar del todo de qué va eso de salir con un chico. Al final, Kosaka termina sugiriendo actividades que quizás sean demasiado sexuales.

Luego la batalla de los dragones, los colegios entran en una tregua volviendo la paz entre los luchadores; aunque nadie baja por completo la guardia. Hafuku que es oficialmente la cabecilla del colegio Nanyou, decide ir al tour de luchadoras en el exterior para ello deben reunir dinero para el viaje por lo que entre ella, Shimei y Koukin van a tomar un trabajo de medio tiempo. Por el otro lado, Unchou desea ir con su querida Gentoku a "investigar" pero al final terminan todos juntos a pasear por el barrio chino justamente donde trabajaba Hafuku; en eso una tierna y desconocida chica se hace presente diciendo que es la hermana menor de Hafuku... Chubou.

Tres escuelas rivales dirigidas por sus guerreros (Toushis) líderes, luchan por ser la más fuerte de las tres; La academia de Kyosho con su líder Sousou Moutoku, la academia de Nanyo con Sonsaku Hakufu y Ryuubi Gentoku de la escuela de secundaria de Seito. Las tres escuelas buscan la energía que proporciona el ?Dragon de Jade?, una reliquia que, según antiguos escritos de hace 1.800 años, tiene la facultad de despertar y controlar los grandes poderes que proporcionan los ?Dragones? que poseen en su cuerpo los tres Toushi líderes y reencarnados en la actualidad en Sousou Moutoku, Sonsaku Hakufu y Ryuubi Gentoku. Tratan de cambiar y controlar su destino predefinido por sus Magatama (las piedras del Alma de los Toushi).

Las escuelas se preparan para una "Gran Guerra en Escala". Un Nuevo enemigo aparece, pero engañado por lo que solo ven sus ojos, Hakufu no se da cuenta de los verdaderos y poderosos enemigos que acechan en las sombras, listos para atacar lo que ella mas atesora. Ojos y Almas asesinas se unen a la lucha por la supremacía, una lucha que no solo involucra a las academias, sino al mundo entero....

Nueva OVA de Ikkitousen.