La historia gira en torno a una pequeña niña llamada Kohina. Por alguna razón, Kohina termina invocando a un Kokkuri-san, un fantasma de bajo rango en el folclor japonés. Al principio, él tenía solo intenciones de cazarla, pero pronto se comienza a preocupar por su terrible hábito de comer ramen para cada una de sus comidas. Él decide cazarla para así poder protegerla.

Cuenta la historia de una niña llamada Candy White, quien es abandonada en un hogar para niños huerfanos junnto a otro bebe el cual es llamado Annie, conforme esta niña va creciendo va teniendo nuevas aventuras, amores,amigos y mas.

La serie toma lugar en una preparatoria privada que involucra el concepto de “salvadores (shirogane)”. Ellos son conocidos como gente que posee recuerdos vivos de sus vidas pasadas. La historia cuenta sobre un joven llamado Moroha Haimura que viene a esta escuela. En la escuela, hay dos tipos de persona: Shirogane, quienes luchan contra los enemigos con armas y técnicas obtenidas de los poderes Puraana de sus propios cuerpos, y Kuroma, quienes eliminan a los enemigos con magia para manipular los poderes Maana que sobrepasan la física. Moroha Haimura es el primer individuo cuyas vidas pasadas eran Shirogane y Kuroma.

La historia manga está protagonizada por Honda, un esqueleto que trabaja en una librería, concretamente en la sección de manga.

Takeyaka Yuki es una chica que ama a su escuela. Para ella, es un lugar maravilloso donde puede disfrutar de las actividades escolares, pero en especial ama el club donde pertenece: “El Club de vida escolar”. En dicho club también están inscritas Rii-chan como presidente, y las miembros Kurumi-chan y Megu-nee. Yuki ama su escuela… al menos eso cree en su mente, ya que la realidad es muy diferente, y algo difícil de percibir para ella.

Gakuen Alice es la historia de Mikan Sakura, una niña de 10 años, que en busca de su mejor amiga Imai Hotaru, ingresa de forma imprevista en una escuela muy especial y extraña. A ella sólo pueden entrar personas que posean un alice, es decir, un poder especial que puede ser de cualquier tipo, desde la telepatía o volar hasta controlar el fuego o convertirse en gato.

Kojiro Shindo. Oficina del Gabinete del Director General de Planificación de Políticas, se encuentra en el aeropuerto de Haneda para un viaje de negocios. Mientras el avión está en la pista, una estructura gigante aparece de repente de la nada. El avión que transportaba a 251 pasajeros y a Shindo acaban dentro de la misteriosa estructura gigante. Después de que todos desembarcaran del avión, un hombre que se parece a un ser humano común se presenta ante ellos. Asegura a los pasajeros del avión que no deben temer ningún peligro. Shindo le pide que se identifique y que explique la situación. A continuación, se muestra el exterior de la estructura en una pantalla grande, y al mismo tiempo, el teléfono móvil de todos los pasajeros empieza a sonar a la vez. En la pantalla de cada teléfono se muestra un mensaje de este misterioso hombre: “Yo, Yaha-kui zaShunina, le informamo que voy a intervenir en los asuntos internos de Japón.” ¿Cuál es la meta de este joven? Shindo pasará a convertirse en un intermediario entre Japón y los Anisotorons …

La historia de esta comedia romántica comienza cuando Gris, una ángel quien posee un misterioso objeto con el cual puede convertir a dos personas que se besen en una pareja sin importar las circunstancias, aparece frente a Seiji Aino, un joven estudiante común. Accidentalmente, Gris utiliza su misterioso objeto en el, por lo que se verá obligada a convencer a Seiji de besar a Akane Hiyama, la chica más popular de su escuela y por la quien el se siente enamorado, ya que de lo contrario ella morirá. Sin embargo, la verdadera personalidad de Akane resultará ser un tanto distinta a lo que el se podría haber imaginado.

La historia toma lugar en la ciudad ficticia de Kazamatsuri, que tiene la peculiaridad de estar sobre-poblada por vegetación, dándole un aspecto de zona rural. Tennouji Kotarou vive en este lugar, quien tiene la habilidad de “re-escribir” su propio cuerpo, logrando así poder escoger su fuerza o velocidad a placer. Él con la ayuda de 5 compañeras de su escuela investiga misterios sobrenaturales.

Akiharu Hino es un joven que es enviado a una escuela para mayordomos y sirvientas. En la escuela le ocurren diferentes cosas que lo hacen ver como un pervertido. Además de su reencuentro con su amiga de la infancia, Tomomi Saikyo, quien tratará de hacer su vida imposible.

Spin-off de "Kimi ga Nozomu Eien" con Akane como protagonista. Un nuevo alumno llega al instituto Hakuryou: Gouda Jouji. Lo único que hará, aparte de torturarnos con sus berridos incesantes, será tirarle los tejos a Akane. ¿Logrará Akane deshacerse de este buitre que la acosa sin descanso?

Yukino y Kanade son hermanas gemelas que cursan el 2do año en el Colegio Comedy; además ambas comparten el mismo cuarto de la pensión. A pesar que son muy distintas en sus personalidades, desde que nacieron se han llevado muy bien... pero un día Kanade se entera que su hermana es seguida por una estudiante de 1er año, Sakuya, quien al parecer le está enamorada de ella. De a poco se da cuenta que la relación entre ellas se distancia...