La historia se centra en el joven Allen Walker, un exorcista, durante un imaginario siglo XIX en Europa. Allen se convierte en miembro de la Orden Negra, una organización religiosa integrada por exorcistas de todo el mundo, la cual está vinculada al Vaticano. La misión de dicha organización es detener al Conde del Milenio, una malvada entidad demoníaca que pretende limpiar el mundo destruyendo a la humanidad, haciendo uso de sus armas llamadas Akuma. Los exorcistas son personas compatibles con la Inocencia, una sustancia divina creada en el pasado. Se dice que hay 109 trozos de Inocencia esparcidos por todo el mundo, una vez que la Inocencia encuentra a su persona compatible, evoluciona en un arma anti-Akuma. Esto se convierte en una carrera entre la Orden Negra y el Conde del milenio y sus aliados por conseguir la Inocencia.
En un mundo post-apocalíptico donde el mas fuerte sobrevive, existen 2 cintas legendarias para los mejores guerreros, la cinta numero 1 es para el mejor. El padre de Afro tenia la cinta numero 1 pero un día es derrotado por "Justicia" un pistolero que tenia la cinta numero 2 por lo tanto era el segundo mas fuerte, Afro muchos años después tiene la cinta numero 2 y busca venganza por su padre en compañía de Ninja Ninja. Aunque hay un tercero, un grupo de monjes muy misteriosos que al parecer buscan tener ambas cintas.
Air Gear cuenta la historia del típico líder joven, Minami Itsuki aka Ikki, de una banda juvenil que representa al instituto Higachu del lado Este de Gunz, Higachu Gunz. Después de ser humillado por otra banda callejera de Storm Riders que usan AT (abreviatura de Air Treck), las hermanas Noyamano le regalan un par de Air Treck y le ayudarán a derrotar al adversario. Cuando termina el enfrentamiento, la agradable sensación de pode volar se apodera de Ikki y decide integrarse en el mundo del Air Treck. La primera parte de la historia gira entorno al proceso de acoplamiento de Ikki a sus Air Treck y el tipo de vida que lleva junto a sus amigos como Storm Rider. Sucesivamente, aparecen nuevos personajes y la trama se va volviendo más compleja y temeraria hasta la aparición de dos revelantes en el mundo del AT, Akito y Agito
Los subhumanos no pueden morir. Aparecieron por primera vez en Africa durante un conflicto bélico, hace diecisete años. A partir de entonces, más especímenes han ido apareciendo en la sociedad humana y, para fines experimentales, el gobierno recompensará generosamente a cualquiera que capture uno. Ajeno a ello, un estudiante de bachillerato se dispone a comenzar sus vacaciones de verano, incapaz de pensar que su vida está a punto de tomar un giro inesperado.
