La historia gira en torno a Shoko Nishimiya, una estudiante de primaria que es sorda de nacimiento y que al cambiarse de colegio comienza a recibir acoso escolar por parte de sus nuevos compañeros. Uno de los principales responsables es Ishida Shouya quien termina por forzar que Nishimiya se cambie de escuela.
Como resultado de los actos contra Shoko las autoridades del colegio toman cartas en el asunto y el curso señala como único responsable a Ishida, quien comienza a sentir el acoso impuesto por sus propios compañeros, al mismo tiempo que termina aislándose de los que alguna vez fueron sus amigos.
Años después, Ishida intenta corregir su mal actuar, buscando la redención frente a Nishimiya.
Jun es una chica que se ha quedado sin habla. Hace tiempo fue una chica muy feliz, pero debido a cierta cosa que dijo cuando era muy joven, su familia quedó destrozada. Un día, apareció una hada que le quitó la habilidad para hablar para que no hiciese daño a nadie más. Desde esa traumática experiencia, Jun vive en las sombras, alejada de los centros de atención. Pero un día, es nominada a convertirse en miembro ejecutivo del consejo de la comunidad. Y además de esto, Jun también es la elegida para interpretar a la protagonista de su musical...
En la Europa del siglo 19, John Watson es explorado por el gobierno para convertirse en un agente secreto. Sin embargo, Watson vive en un mundo donde “Frankenstein”, cadáveres humanos que son re-utilizados con un alma falsa con el fin de utilizarlos como mano de obra, se utilizan para mejorar el desarrollo industrial.
La humanidad es obligada a vivir bajo la superficie pasando asi muchos siglos, llegando a olvidarse y convirtiendo en una leyenda la vida en la superficie. Asi se crean pequeñas colonias excavando por distintos lugares y tratando de escapar de los terribles terremotos. En una de esas colonias vive Simon, uno de los mejores excavadores, que en unos de los agujeros encuentra una extraña llave en forma de torno. Si bien todos se mofan de Simon por ser muy raro y de poca autoestima, el único que lo respalda siempre es Kamina quien lo invita a ir hacia la superficie. Por supuesto el Jefe de la colonia prohibe esta acción que se supone que es tabú para la gente y encierra a Kamina. En una excavación nocturna, Simon encuentra esta vez un mecha en forma de cara y corre hacia Kamina para mostrárselo, pero de repente un enorme robot con forma de cara cae desde la superficie y al igual una misteriosa chica que lo ataca con su rifle.
Simon, Kamina y la chica (Yoko) tratan de escapar y Simon los conduce a su descubrimiento, ahi le dice a Kamina que lo maneje para derrotar al robot sin embargo, Kamina le responde que esa mecha le pertenece y por lo tanto él debería manejarlo... entre idas y vueltas los 3 entran en la cabeza y ante un impulso de Kamina junto con la ayuda de Yoko, Simon logra de algún modo derrotar a la enorme cara; no solo eso sino que son explusado hacia la superficie...Alli Simon y Kamina descubre un maraviloso mundo para ellos pero también se encuentra con la sorpresa de que en la superficie un grupo de Ganmen (Mechas con forma de cara) que atacan a los humanos que suben a la superficie
En 1972 se descubría un portal espacial en la superficie de la Luna con el que la humanidad entró en contacto con seres de Marte… lo que llevó a una guerra.
1999: El Imperio Bars finalmente declara la guerra a la Alianza Terrestre. Durante la fiera lucha, la hypergate perdía el control, destrozando la Luna. Han pasado 15 años desde entonces.
Después de que la población y economía mundial fué devastada por varios hyper-huracanes simultáneos, nuevas facciones y naciones han aparecido por el mundo. En Japón, después de la reconstrucción, la población ha sido dividida en 2 clases, la clase Elite, llamada "Logos", que controlan las zonas más ricas y desarrolladas, además de llevar un cruel control de los "Levinas", la clase baja que lucha día a día por su sobrevivencia. Jō y Jin han escapado de "Phantom", un grupo militar que controla a los Levinas, llevando a una niña con ellos llamada Sana. La serie sigue su camino por evitar se capturados por Phantom y por las fuerzas miltares de los Logos.
Nos situamos en el año 2031, con la humanidad en un momento de prosperidad económica y tecnológica. Sin embargo, todo cambia cuando una extraña forma de vida llamada Hardians aparece y sin razón alguna comienza a atacar devastadoramente todas las poblaciones importantes.
Una organización llamada N.I.D.F. comienza a investigar para intentar contrarrestar el ataque de los invasores, lo que ocurre paralelamente a unas investigaciones acerca de un mito que habla de un Libro de la Muerte que escode temibles secretos.
La batalla por la supremacía de la raza humana acaba de comenzar.
