Iwatani Naofumi es el típico otaku, al menos hasta que un día encuentra en la biblioteca un libro que lo transporta a otro mundo. Allí se convertirá en el Héroe del Escudo, uno de los Cuatro Héroes Cardinales, y tendrá que luchar contra las Olas de la Catástrofe junto a los héroes de la espada, la lanza y el arco. Emocionado ante la perspectiva de vivir una gran aventura, Naofumi parte de viaje con su grupo. No obstante, al cabo de unos pocos días lo traicionan y pierde su dinero, su dignidad y el respeto de los que le rodean.

La historia se centra en el joven Allen Walker, un exorcista, durante un imaginario siglo XIX en Europa. Allen se convierte en miembro de la Orden Negra, una organización religiosa integrada por exorcistas de todo el mundo, la cual está vinculada al Vaticano. La misión de dicha organización es detener al Conde del Milenio, una malvada entidad demoníaca que pretende limpiar el mundo destruyendo a la humanidad, haciendo uso de sus armas llamadas Akuma. Los exorcistas son personas compatibles con la Inocencia, una sustancia divina creada en el pasado. Se dice que hay 109 trozos de Inocencia esparcidos por todo el mundo, una vez que la Inocencia encuentra a su persona compatible, evoluciona en un arma anti-Akuma. Esto se convierte en una carrera entre la Orden Negra y el Conde del milenio y sus aliados por conseguir la Inocencia.

En una Inglaterra victoriana imaginaria, Allen Walker es miembro de una misteriosa organización conectada con el Vaticano que intenta erradicar de la faz de la tierra a los Akuma, armas demoníacas capaces de apoderarse del cuerpo de una persona para sembrar el mal adondequiera que vayan.

La serie toma lugar en una preparatoria privada que involucra el concepto de “salvadores (shirogane)”. Ellos son conocidos como gente que posee recuerdos vivos de sus vidas pasadas. La historia cuenta sobre un joven llamado Moroha Haimura que viene a esta escuela. En la escuela, hay dos tipos de persona: Shirogane, quienes luchan contra los enemigos con armas y técnicas obtenidas de los poderes Puraana de sus propios cuerpos, y Kuroma, quienes eliminan a los enemigos con magia para manipular los poderes Maana que sobrepasan la física. Moroha Haimura es el primer individuo cuyas vidas pasadas eran Shirogane y Kuroma.

La historia empieza cuando un poderoso brujo y sabio, que salvó al mundo de la calamidad en numerosas ocasiones, se encuentra un bebé al que adopta y nombra como Shin. El bebé es en realidad un hombre de nuestro mundo reencarnado en el mundo del sabio. Este cria a Shin lejos de la sociedad y le enseña los entresijos de la magia. Una vez cumple los 15 años, el joven emprende su propio viaje pero el sabio se acuerda entonces que se ha olvidado de enseñarle sobre el sentido común y la forma en que funciona la vida. Así pues, sin experiencia ninguna con las relaciones personales, Shin llega a la capital del reino de Alsheid para apuntarse a la academia de magia.

Takuya Arima es un joven estudiante cuyo padre, un historiador que ha realizado varias investigaciones, desapareció recientemente. Durante las vacaciones de verano, Takuya recibe un paquete peculiar de su padre desaparecido, junto con una carta que contiene información sobre la existencia de varios mundos paralelos. Al principio, Takuya no lo toma en serio, pero pronto se da cuenta de que posee un dispositivo que le permite viajar a dimensiones alternativas. ¿Está vivo su padre, después de todo? Si es así, ¿dónde está?

Oosuki Masato es un estudiante de secundaria ordinario que es transportado por arte de magia a un mundo alternativo, pero por alguna razón su madre cariñosa y sobreprotectora también aparece en este misterioso mundo.

La historia se centra en el joven estudiante Yuri Mito, quien es el hijo único del encargado del templo Yachimata. En ese templo hay una leyenda sobre una deidad llamada Tayutayu-sama quien protege el área, pero esta deidad y otra así llamada Tayutai se han perdido en el tiempo. El joven Mito y sus amigos descubren una reliquia en los terrenos de la escuela con unos grabados misteriosos en ella. Después en la ceremonia de bienvenida de principio de año una chica igualmente misteriosa llamada Mashiro aparece frente a Mito. Esta chica está relacionada de alguna forma a la leyenda y a la reliquia.