Pasados dos años y medio de entrenamiento con Jiraiya, Naruto Uzumaki regresa a la aldea oculta de la hoja, donde se reúne con sus viejos amigos y conforma de nuevo el Equipo 7. Debido a la ausencia de Sasuke, aparece un nuevo personaje llamado Sai el cual retoma su lugar. En esta secuela podremos notar como los compañeros de Naruto han madurado con respecto a su desempeño previo, mejorando la mayoría de estos en su nivel. Durante su entrenamiento con Jiraiya, Naruto aprendió a controlar un poco de la chacra del Kyubi. Lo contrario a la serie original, dónde sólo desempeñó un papel secundario, la organización Akatsuki asume el papel antagónico principal en Naruto Shippuden, buscando como objetivo principal el capturar a todos los poderosos monstruos Biju.

Gon Frecks,un niño de 12 años,vive con su tia Mito y su abuela en Isla Ballena, huérfano de madre y según su tía también de padre. Un día Gon es atacado por un oso del bosque, pero es salvado por un cazador quien le explica que está en busca de su maestro para así convertirse en un cazador, el es quien le dice que su padre Gin esta vivo. Enterado de esto Gon decide convertirse en cazador para poder encontrar a su padre.

Después de derrotar a Majin Buu, la vida vuelve a ser tranquila una vez más. Goku vuelve a trabajar otra vez ya que Chichi le ordena que gane dinero, aunque él quiere seguir entrenando. Mientras, Goten, a punto de convertirse en cuñado de Videl, se embarca en un viaje con Trunks para encontrar un regalo para ella.

Esta es una secuela de las series de Naruto, la cual sigue la historia de Boruto el hijo de Naruto. La aldea oculta de la hoja ha continuado su moderinización pero siempre manateniendo la paz. Carros eléctricos recorren toda la ciudad conectada por distritos llenos de rascacielos con enormes monitores mostrando todo tipo de imágenes. En esta era, la aldea oculta de la hoja es ahora una cuidad ninja solo en nombre ya que ahora muchas personas normales han venido a vivir aquí. También el estilo de vida de los ninjas ha cambiado... Boruto, el hijo del séptimo Hokage y el actual lider de la aldea, se ha matriculado en la academia ninja para aprender todo sobre lo que necesita saber en las artes ninjas. Los estudiantes que rodean a Boruto se refieren a él como "el hijo del Hokage", pero Boruto con su peculiar personalidad se hará un nombre por él mismo. Boruto encontrá nuevos amigos y aliados, pero ¿cómo podrá lidear con todos esos misteriorsos incidentes que se le presentarán? Es así como comienza la historia de Boruto Uzumaki.

Athena es secuestrada por el Dios Marte en pleno Santuario, el cual en su ataque lanza una columna de piedra contra un pequeño bebé llamado Kouga. Por suerte, el caballero de Sagitario, Seiya, aparece y salva al niño de una muerte segura. Kouga será el nuevo caballero de Pegaso y se enfrentará junto a sus amigos a los planes de Marte.

Nos situamos en el año 2086, diez años después de que se diese a conocer al mundo la existencia de la magia. Este acontecimiento conmocionó enormemente a la sociedad y supuso el desencadenante de sucesivas rebeliones y violentas escaramuzas que asolaron todo lo que se encontraba a su paso. Al margen de esta convulsa situación, Touta Konoe, un joven muchacho con mucho camino por recorrer y con un objetivo en la vida, subir a lo más alto de la torre que se ve en los confines del mundo, se embarcará junto a sus amigos en una apasionante aventura que cambiará su vidas para siempre y que tendrá un punto de partida poco común: Touta en realidad es inmortal, aunque no es el único en este peculiar mundo.