En un futuro lejano, la humanidad se enfrenta a una crisis sin precedentes.
En Tetra Heaven, la tierra de leyenda, se conoce la paz después de más de un siglo de guerra. Los dioses que perdieron la batalla buscaron un nuevo lugar donde vivir, y lo encontraron en Septpia, el mundo humano, al que deciden atacar. Los Logicalists que forman parte de ALCA, una agencia policial especial cuya tarea es la de proteger la ciudad de la invasión de los extranjeros, se vieron forzados a defender las ciudades.
Dependiendo de su capacidad, los Logicalists pueden entrar en fase Trance con las deidades del otro mundo, obteniendo así la oportunidad de luchar en el campo de batalla.
Yoshichika Tsurugi es un joven normal y corriente que, tras encontrarse con la diosa Athena después de un ataque enemigo, ve cómo su vida cambia por completo.
Hace mucho tiempo se dice que Dios se volvió contra su creación, el ser humano. Decidido a eliminarlo se dirigió a la Tierra para lograr su cometido pero se encontró con un cazador de dioses que lo asesinó con su propia espada. Al morir, la energía de Dios se dispersó creando dioses menores que, sin rencores, se dedicaron a proteger a los humanos, al menos la gran mayoría. En la actualidad el mundo está dividido entre la Tierra y las ciudades flotantes donde viven los dioses y a las cuales se las denomina como Edens. Jorrne, el protagonista, parece ser la reencarnación del cazador de dioses y por ello quieren eliminarlo.
La historia gira alrededor de Shikimori Kazuki un joven mago proveniente de familia con un bajo nivel mágico dado que el solo tiene 8 magias, pero todo cambia un día que se rebela que el es descendiente de los mejores magos del mundo, pero el poder no reside en el, sino en su hijo por medio de sus genes, es entonces cuando aparecen tres chicas hermosas Kuriko Kazetsubaki(la chica mas hermosa de la escuela, quien solo busca a Kazuki para publicidad de su empresa), Rin Kamishiro (estudiante de primero, busca restablecer el honor de su familia), y Yuuna Miyama (chica que conoció de pequeño, quien dice ser su esposa, busca el verdadero amor de Kazuki a pesar de que el no la recuerde) todas ellas a la caza de los genes de Shikimori...
La historia transcurre en la Era Bakumatsu, cuando los cimientos del gobierno de Tokugawa empezaron a tambalearse.
En la edad donde la "Oscuridad" se respiraba y la presencia de monstruos era muy temida, un escritor soñador, Yamaoka Hyakusuke, viaja por todos los países con la esperanza de publicar en todo el mundo su obra "Hyaku Monogatari".
En el camino, se encontrará con criminales como Mataichi del Sufrimiento, Ogin de los Muñecos o Chouji de la LLamada de los Pájaros. Son una banda criminal secreta, contratada para resolver casos que son enterrados en la oscuridad.
Buscando al criminal, usando hábiles estratagemas, juzgarán el ego humano y cerrarán un caso tras otro, siempre acompañados por un sonido de campanas y la palabra "Go Koui Tatemasaru" (que significa "yo lo haré", en un japonés antiguo y refinado)
