Itsuka Shidou es un estudiante de instituto que, durante las vacaciones, vive en primera persona un suceso sin igual. Ante él aparece una chica con armadura, que destruye la ciudad que tiene delante. La chica responde ante el nombre de Tooka, y según la hermana de Shidou, es un espíritu (?seirei?, 精霊), los cuales causaron un terremoto espacio-temporal 30 años atrás. La hermana de Shidou revela que su verdadera identidad es la de la líder de la organización Ratatosk y le cuenta a Shidou que la única manera que tienen de salvar el mundo es hacer que Tooka se acabe enamorando de él y tengan una cita.
El protagonista de esta historia, Yuu Haruna, un chico al que le encanta usar Twitter, acaba de mudarse a la ciudad con sus hermanas después de que sus padres se marchasen al extranjero por motivos de trabajo. Una noche, mientras sale a comprar la cena, se topa con una misteriosa chica, llamada Fuuka Akitsuki, la cual le rompe su teléfono creyendo que iba a fotografiarle su ropa interior. Así da inicio un encuentro que cambiará sus vidas.
La historia se centra en dos hermanos, Edward Elric y Alphonse Elric que rompieron el mayor tabú de la alquimia, la trasmutación humana al tratar de revivir a su fallecida madre; en consecuencia Edward pierde su pierna izquierda y Alphonse pierde todo su cuerpo, Edward para salvar a su hermano sella su alma en una gran armadura de hierro a cambio de su brazo derecho; ahora los dos con un nuevo objetivo buscan desesperadamente la piedra filosofal para poder regresar sus cuerpos a la normalidad...
La historia sigue a un muchacho de instituto llamado Akihito Kanbara que aunque parece normal, es un medio yomu, lo que le hace invulnerable a las heridas debido a que se cura muy rápido. Un día Akihito conoce a una novata llamada Mirai Kuriyama cuando esta parece que está a punto de saltar de la azotea del instituto. Mirai se siente sola por su habilidad para manipular la sangre, algo único incluso entre aquellos con poderes sobrenaturales. Tras impedir Akihito que Mirai salte, comienzan a ocurrir extraños eventos.
Ryougi Shiki, un adolescente que tras despertar de un coma de dos años, producto de un accidente de tránsito, descubre que posee el increíble don de ver la muerte en todo ser vivo debido a los chokushi no magan, unos ojos capaces de percibir la muerte de todas las cosas. Pero siente haber perdido algo a cambio de ese poder. Todo niño nacido en la familia Ryougi (ya que por lo general nacen siempre varones) son entrenados en diversas disciplinas para que logren dividir su personalidad y así formar una clan de seres humanos superiores. Así, todo miembro de la familia posee una personalidad masculina y otra femenina, las cuales utilizan según la ocasión que se les presenta. Luego de despertar, Shiki siente que su personalidad masculina ha muerto en él, lo que le lleva a sustituir la muerte espiritual de esa personalidad por el tono masculino que poseerá en toda la historia. Un mundo tenebroso, donde el cuchillo de Shiki atraerá los reflejos de muchos misterios...
La historia de "Steins;Gate" toma lugar en Akihabara y trata acerca de un grupo de amigos que modificaron su microondas conviertiendolo en un dispositivo que puede mandar mensajes de texto al pasado. Mientras realizan diversos experimentos, una organizacion llamada SERN, que ha estado realizando su propia investigacion sobre viajes en el tiempo, los localiza y ahora los personajes deben buscar una manera de evitar ser capturados por ellos.
La Academia Mihama, en la superficie, es un cerrado ambiente de aprendizaje establecido para nutrir a estudiantes que se encuentran en conflicto con el mundo que los rodea; en la actualidad, es una “huerta” y prisión construida para preservar el fruto que ha caído lejos de su árbol.
Sea cuáles sean las circunstancias detrás de su establecimiento, la Academia Mihama es el actual hogar para cinco estudiantes femeninas, todas con sus propias razones para su matrícula. Para bien o para mal, cada chica ha desarrollado una rutina predeterminada por su situación; la vida se mueve lentamente, pero a un apropiado ritmo dentro de las paredes de Mihama.
Con la llegada del primer estudiante varón a la academia, el casi absurdamente inexpresivo Kazami Yuuji, las estudiantes de Mihama comienzan a perder el ritmo de sus rutinas. ¿Probará Yuuji ser el elemento que las chicas necesitaban para hacerse cargo de sus vidas una vez más, o será el peso de sus pasados una pendiente muy empinada para superar?
En un futuro cercano, los humanos han sido derrotados por unos parásitos virales llamados Gastrea. Los sobrevivientes han sido exiliados en un pequeño territorio viviendo entre la desesperanza y el miedo.
Rentaro, un joven que vive cerca de Tokio, miembro de la “Seguridad Civil”, una organización especializada en la lucha contra los Gastrea, quien tiene particularmente a cargo el cumplir con tareas sumamente peligrosas. El junto a su pareja, la bella y joven Enju, son capaces de luchar contra estos parásitos gracias a sus peculiares poderes. Hasta que un día ambos reciben una peligrosa asignación especial del gobierno: evitar la completa destrucción de Tokio.
