La “historia de milagros y amor” gira en torno a Mitsuha y Taki. Mitsuha es una estudiante de secundaria que vive en un pueblo rural situado en las montañas. Su padre es el alcalde y no pasa mucho por casa, ella vive con su hermana pequeña estudiante de primaria y su abuela. Mitsuha tiene una personalidad honesta, pero a ella no le gustan las costumbres del santuario sintoísta de su familia, ni ella ni su padre participan en una campaña electoral. Ella se lamenta de que vive confinada en un pueblo rural y anhela el maravilloso estilo de vida de Tokio. Taki es un estudiante de secundaria que vive en el centro de Tokio. Él pasa su tiempo junto a sus amigos, trabajando a tiempo parcial en un restaurante italiano y está interesado en la arquitectura y las bellas artes. Un día, Mitsuha tiene un sueño en el que ella tiene el cuerpo de un hombre joven. Taki también tiene un sueño parecido y en el que él es una estudiante de secundaria en un pueblo en las montañas en él que nunca ha estado. ¿Cuál es el secreto de sus sueños?
Iwatani Naofumi es el típico otaku, al menos hasta que un día encuentra en la biblioteca un libro que lo transporta a otro mundo. Allí se convertirá en el Héroe del Escudo, uno de los Cuatro Héroes Cardinales, y tendrá que luchar contra las Olas de la Catástrofe junto a los héroes de la espada, la lanza y el arco. Emocionado ante la perspectiva de vivir una gran aventura, Naofumi parte de viaje con su grupo. No obstante, al cabo de unos pocos días lo traicionan y pierde su dinero, su dignidad y el respeto de los que le rodean.
El padre Momozono Nanami, un hombre con afición por el juego, desapareció después de acumular una gran cantidad de deudas por lo tanto su hija fue expulsada de su casa por cobradores. Cuando ayudo a un chico tímido que era perseguido por un perro, este le dijo que le daría su casa. Ella creyó en sus palabras, pero cuando fue a su casa, resulto ser un santuario. Además, un tipo con orejas de zorro llamado Tomoe apareció, el cual estaba esperando al anterior dueño por 20 años. Esto confunde mas a Nanami...
La historia gira en torno a Rikka Tachibana, una estudiante de instituto que asiste a la Academia Shiko en la ciudad de Shiko. La chica disfrutaba de su vida académica mientras vivía con su madre María, pero un día todo se echó a perder. En la historia, Rikka se siente atraída por unos demonios que también tienen interés en ella.
Himeno Awayuki, una estudiante de secundaria, está tratando de adaptarse a su nueva vida después de que su padre viudo se casa con Natsue, una mujer rica tremendamente rica. Un buen día, mientras coge un atajo para no llegar tarde a clase, se tropieza con Hayate, el Caballero del Viento, quién descubre que Himeno es el Prétear. Más tarde, los Leafe Knights se aparecen ante Himeno para pedirle que se transforme en el Prétear y les ayude a proteger el Leafe, la esencia de todo organismo viviente. Le explican que la nieve roja que está cayendo es una señal del inminente despertar de la Princesa del Desastre, quién está tratando de absorber todo el Leafe, y que no pueden derrotarla sin su ayuda. Aunque al principio piensa que le están tratando de gastar una broma, finalmente opta por hacer el intento y se convierte en el Prétear. Y con esto, comienzan las aventuras de Himeno para proteger la energía que hace posible la vida y salvar el mundo.
