Pasados dos años y medio de entrenamiento con Jiraiya, Naruto Uzumaki regresa a la aldea oculta de la hoja, donde se reúne con sus viejos amigos y conforma de nuevo el Equipo 7. Debido a la ausencia de Sasuke, aparece un nuevo personaje llamado Sai el cual retoma su lugar.
En esta secuela podremos notar como los compañeros de Naruto han madurado con respecto a su desempeño previo, mejorando la mayoría de estos en su nivel. Durante su entrenamiento con Jiraiya, Naruto aprendió a controlar un poco de la chacra del Kyubi.
Lo contrario a la serie original, dónde sólo desempeñó un papel secundario, la organización Akatsuki asume el papel antagónico principal en Naruto Shippuden, buscando como objetivo principal el capturar a todos los poderosos monstruos Biju.
La serie gira en torno a una joven chica que lucha en los frentes de una guerra. Tiene el pelo rubio, ojos azules y una piel blanca, casi transparente, y es conocida por moverse como el viento en el campo de batalla. Ella es Tanya Degurechov y se encarga de dirigir al ejército. Solía ser una de las oficiales de élite en Japón, pero debido a la ira de un dios, renació como una niña pequeña. Tanya lo da todo por avanzar en su carrera militar y se convertirá en la hechicera más poderosa del ejército imperial.
Una historia épica de piratas, donde narra la historia de "Monkey D. Luffy" quien cuado tenia 7 años, comió accidentalmente una "Akuma no mi"(Futa del diablo) la cual le dio poderes de goma. Por otra parte "Gol D. Roger" conocido como "El rey de los Piratas" quien fuera ejecutado por la Marine, habló antes de morir, acerca de su famoso tesoro "One Piece" escondido en la "Gran line". Esta noticia desato la gran era de la piratas lanzando a incontables piratas a ese lugar, en busca de "One Piece" el tesoro perdido. Diez años después, Luffy inspirado en "Gol D. Roger" y un pirata de nombre Akagami no Shanks (Shanks el pelirrojo) se convierte en pirata deseando ser el próximo "Rey de los Piratas" y zarpar para conocer amigos y tener aventuras con ellos, teniendo como meta encontrar el "One Piece".
En un mundo sobrenatural donde la existencia de los Vampiros se encuentra amenazada por los Caza Recompensas, un Vampiro encuentra el amor en una Humana. Una familia desesperada por el rapto de su hija contrata un Cazador misterioso de nombre "D", un Dampir (mitad Vampiro mitad Humano), e inicia su busqueda por recuperar a la Dama, pero no es el unico tras la recompensa. En esta persecucion "D" se debate entre el cumplimiento de su deber o separar un amor autentico.
