En un futuro próximo, un repentino e inexplicable aumento del nivel del mar sumergió bajo el agua la mayor parte de la civilización humana. Natsuki Ikaruga, un joven que perdió a su madre y una pierna en un accidente unos años antes, decide abandonar desilusionado la ciudad y lo dura que es la vida allí para regresar a su hogar natal, casi sumergido por el mar. Sin familia, lo único que le queda es lo que le dejó su madre, que era oceanóloga: un barco, un submarino y una gran cantidad de deudas. Su única esperanza de recuperar los sueños para el futuro que perdió es aprovechar la oportunidad que le ofrece una recaudadora de deudas muy sospechosa llamada Catherine. Con ella partirá a buscar las ruinas inundadas del laboratorio de su abuela para así dar con el tesoro que dicen que dejó allá. Sin embargo, lo que encuentran no es un cofre repleto de dinero o de joyas, sino una extraña chica dormida en un ataúd en el fondo del mar: Atri. Atri es un robot, pero su aspecto y su capacidad para expresar emociones haría creer a cualquiera que es un ser humano más. En agradecimiento por su salvamento, declara algo ante Natsuki.

Arima Teppei es un estudiante de segundo año de preparatoria quien perdió a sus padres en un accidente automovilístico cuando volvían a casa. Su abuelo, Arima Isshin, quien maneja una gran parte de la economía de Japón, quiere que Teppei se convierta en su sucesor como presidente del Grupo Arima. Para preparar su debut dentro de la alta sociedad, Teppei se verá envuelto en una academia de élite para descendientes de los más ricos y poderosos del mundo.

Takasu Ryuuji comienza su segundo año de instituto con mucho animo. Sin embargo, hay una cosa que el odia, y es su mirada, heredada de su padre (un ganster), con lo cual posee una habilidad innata para intimidar a los demás, provocándole esto muchos malentendidos con sus compañeros, no obstante, todo esto va cambiar el primer día de clases, cuando Ryuuji tiene un encontronazo con Aisaka Taiga, la persona mas peligrosa del centro.

La historia es acerca de Yuuki Rito, un muchacho de secundaria que no puede confesarse con la chica de sus sueños, Sairenji Haruna. Un día, cuando el regresó a casa y malhumorado, en la bañera, una misteriosa, chica desnuda, aparece de la nada. Su nombre es Lala y ella viene del planeta Deviluke, donde ella es la heredera al trono. Su padre quiere que ella vuelva a su planeta de origen, lo que le permite contraer matrimonio con uno de los candidatos a marido, pero ella decide que quiere casarse con Rito con el fin de permanecer en la Tierra.

Los chicos sueñan con poder volar algún día por el infinito cielo, aunque son dolorosamente conscientes de cuán lejos está el cielo más allá del cristal que les impide salir volando. En un futuro distante la humanidad ha creado Plantation, una ciudad fortaleza móvil construida sobre las ruinas del mundo y en la que ha florecido la civilización. En la ciudad hay barracones especiales para pilotos llamados Mistilteinn, aunque popularmente se los conoce como "jaulas de pájaros". Allí es donde viven estos chicos... sin saber nada del mundo exterior, sin poder sentir nunca el enorme cielo. Su única misión en la vida siempre fue luchar. Sus enemigos son los misteriosos organismos gigantes conocidos como Kyoryu, a los cuales enfrentan con los robots llamados FRANXX. No saben hacer otra cosa y no se lo plantean, pues creen que este es su propósito único en la vida. entre ellos está un niño al que en su día consideraron un niño prodigio: Código 016, Hiro. Sin embargo, ahora es un fracaso y se lo considera innecesario. Quienes no pueden pilotar un FRANXX es como si no existieran. Un día aparece ante Hiro una chica llamada Zero Two y de su cabeza surgen dos cuernos. "Te encontré, cariño mío"

Arima Teppei es un estudiante de segundo año de preparatoria quien perdió a sus padres en un accidente automovilístico cuando volvían a casa. Su abuelo, Arima Isshin, quien maneja una gran parte de la economía de Japón, quiere que Teppei se convierta en su sucesor como presidente del Grupo Arima. Para preparar su debut dentro de la alta sociedad, Teppei se verá envuelto en una academia de élite para descendientes de los más ricos y poderosos del mundo.

Amano Yukiteru, un estudiante de 2º año de secundaria, es un chico solitario e introvertido que gasta todo su tiempo escribiendo un diario en su celular desde el punto de vista de un espectador. Su único amigo es un producto de su imaginacion, Deus Ex Machina, el Dios del Tiempo y el Espacio. Un día, este dios le da al diario de Yukiteru la habilidad de ver lo que sucedera en los siguientes 90 días en el futuro y enrola a Yukiteru en un torneo mortal donde debera luchar por su vida contra los poseedores de otros diarios similares.

Yuko Yoshida es una chica de 15 años que un día se despierta teniendo poderes demoníacos y con el encargo de derrotar a una chica mágica de la zona. Aunque ahora tiene cuernos y cola, en realidad sigue siendo menos poderosa que cualquier chica ordinaria y además tiene que sobrevivir a la peor maldición de todas: sobrevivir con 40,000 yenes al mes.

Takuya Arima es un joven estudiante cuyo padre, un historiador que ha realizado varias investigaciones, desapareció recientemente. Durante las vacaciones de verano, Takuya recibe un paquete peculiar de su padre desaparecido, junto con una carta que contiene información sobre la existencia de varios mundos paralelos. Al principio, Takuya no lo toma en serio, pero pronto se da cuenta de que posee un dispositivo que le permite viajar a dimensiones alternativas. ¿Está vivo su padre, después de todo? Si es así, ¿dónde está?