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La historia se centra en un chico de secundaria , Yakumo Saitou que nació con ojos de distintos colores. Su ojo izquierdo rojo tiene la habilidad de ver espíritus y fantasmas. así con la ayuda de Haruka Ozawa empiezan la investigación de las distintas causas de los espíritus todavía vinculados con la tierra.
Sigue las aventuras de Keitaro Urashima, un estudiante fracasado que ha fallado 2 veces la entrada a la prestigiosa Universidad de Tokyo, y las locuras y amores de las huéspedes de su apartamento en esta divertida y completamente surreal historia de amor, mientras intenta completar una promesa que hizo de entrar a la Universidad de Tokyo a como fuera 15 años atrás.
Yako Katsuragi es una chica de 16 años que es conocida como "la detective escolar" y que tiene una agencia de detectives que conforman ella, Neuro Nogami su "ayudante" y Shinobu Godai que se encarga de reunir informacion de los casos. Aunque el que verdaderamente controla la agencia y resuelve los casos es Neuro, quien es un demonio cuyo alimento son los misterios y que va al mundo humano debido a que ya se comio todos los misterios del inframundo. Yako lo conoce a Neuro después de la muerte de su padre, que ocurre en circunstancias misteriosas y es clasificado como suicidio; ella piensa que fue un asesinato y mientras esta en la habitación de su padre aparece Neuro prometiendole resolver el misterio. Asi que mientras resuelven casos como detectives, Neuro busca el mejor misterio del mundo humano, Yako busca pistas acerca de la muerte de su padre.
Yona es la única princesa de un gran reino, y por eso ha sido criada con gran cuidado por su cariñoso padre y protegida por su amigo de la infancia y guardia Hak. Sin embargo, su destino cambia al cumplir 16 años, cuando su amado primo Soo-won asesina a su padre para obtener el trono. Ella huye del castillo hacia el pueblo natal de Hak y comienza una nueva vida.
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