La historia se desarrolla en la ciudad de Nagasaki, en un mundo en el que una cantidad minúscula de magia aún permanece dentro de la vida cotidiana de la población.
Hitomi Tsukishiro es una chica de 17 años descendiente de una familia de brujas que creció en un ambiente tanto emocionante como depresivo, ya que perdió la capacidad de ver colores a una edad muy temprana. Sintiéndose mal por el futuro de su nieta, Kohaku, una gran bruja, envía a Hitomi al pasado, específicamente al año 2018.
Ahí, deberá encontrar a su abuela de 17 años y su club de hechicería de preparatoria, mientras el espectador seguirá el crecimiento de Hitomi como persona.
Existe un mundo después de la muerte, en donde las almas de las personas cuya vida fue injusta, tienen una segunda oportunidad de alcanzar la paz, y así volver a nacer. Pero la verdad es que nadie sabe muy bien como funciona este lugar donde no existen las enfermedades y no se puede morir (al menos de la forma que nosotros entendemos como muerte). Debido a la confusión se crean 2 bandos en conflicto: el Shinda Sekai Sensen (SSS), que lucha contra las intenciones de Dios por la vida injusta que les designó; y el bando formado por Tenshi (Ángel), cuyo único interés es que las demás personas se realicen y puedan renacer. En este mundo aparece nuestro protagonista, Otonashi, quien sin recuerdos de su vida anterior, se embarca en una aventura donde forja amistades profundas. Poco a poco recobra su memoria y ayuda a resolver los dilemas de las personas en este mundo.
Un mundo en el que el arte se convierte en magia. En este mundo, las personas que pueden inspirar pasión con sus Artes Mágicas reciben el nombre de Artistas, y su trabajo está en el mundo del espectáculo. Al Instituto Privado de Artes Mágicas Hoshinomori, donde estudian los Artistas, llega transferida una nueva y extraña estudiante llamada Ohana Aigasaki.
Ohana acaba como responsable de la planificación del festival cultural de la escuela, el Hoshinomori Summer Festa, y pasa su romántica vida escolar en compañía de seis chicos que aspiran a ser grandes estrellas del entretenimiento en el futuro.
Cada uno de los chicos se especializa en sus propias Artes, y todos juntos quieren que el festival sea un éxito. Para complicar las cosas, los chicos también quieren ser escogidos como Príncipe del festival, y todos quieren que su princesa sea Ohana…
La historia toma lugar en un mundo donde los humanos se encuentran en una guerra contra un enemigo al que llaman UNKNOWN, y se centra en unos jóvenes que, cuando los UNKOWN comenzaron su invasión, fueron criogenizados por su protección. Cuando estos despertaron, descubrieron que habían adquirido poderes sobrenaturales, y ahora se dedican a defender los últimos bastiones del país , las ciudades de Tokyo, Kanagawa, y Chiba, luchando en batallas contra los UNKNOWN, que aparecen a través de la Tokyo Bay Gate.
La historia tiene lugar 30 años antes de los acontecimientos de Magi. En esta era nos centraremos en el viaje que tiene que realizar Sinbad para convertirse en rey.
