Pasados dos años y medio de entrenamiento con Jiraiya, Naruto Uzumaki regresa a la aldea oculta de la hoja, donde se reúne con sus viejos amigos y conforma de nuevo el Equipo 7. Debido a la ausencia de Sasuke, aparece un nuevo personaje llamado Sai el cual retoma su lugar. En esta secuela podremos notar como los compañeros de Naruto han madurado con respecto a su desempeño previo, mejorando la mayoría de estos en su nivel. Durante su entrenamiento con Jiraiya, Naruto aprendió a controlar un poco de la chacra del Kyubi. Lo contrario a la serie original, dónde sólo desempeñó un papel secundario, la organización Akatsuki asume el papel antagónico principal en Naruto Shippuden, buscando como objetivo principal el capturar a todos los poderosos monstruos Biju.

La historia está protagonizada por Kanade Amakusa, un muchacho maldito con un poder llamado “Elección Absoluta”. De repente aparece en su mente un cuestionario con dos opciones, debiendo escoger una y haciéndose realidad por ridícula que esta sea. Por ejemplo, le puede tocar escoger entre ir desnudo de cintura para abajo o desnudo de cintura para arriba a clase. En una ocasión llega a clase, le toca escoger nuevamente ente: "una preciosa chica cae ante él o es él el que se cae desde la azotea vestido de mujer". Evidentemente escoge la primera opción, y así una chica rubia llamada Chocolat cae ante él.

En esta historia de acción y fantasía, nos ponemos en la piel de Guren, un profesor a tiempo parcial en una escuela de magia. Sin embargo, sus métodos de enseñanza son algo particulares: al llegar a clase escribe en la pizarra “Estudio personal” y se echa una siesta. Una de sus estudiantes, Sistina, no puede tolerarlo y le reta a un duelo que el profesor pierde. Sin embargo, cuando la escuela se ve amenazada, Guren muestra una determinación inquebrantable por proteger a sus estudiantes.

La serie toma lugar en un prestigioso instituto estudiantil que recientemente acaba de ser mixto, por lo que cuenta con una población estudiantil de mil chicas y solo 5 chicos. Ellos creyeron que estaban aprovechando la oportunidad de sus vidas al entrar a dicha escuela en tales circunstancias…. pero nada más lejos de la realidad, ya que en lugar de ser un sueño adolescente, la escuela termina siendo una pesadilla para éstos chicos, transformándose en casi una prisión para ellos.

Cada día es un día normal en el pequeño pueblo donde Kasuga Arata vive. Sin embargo, todo cambió en día del Sol Negro, y seguido de ello, un mago aparece ante él. El Sol Negro causó el Fenómeno del Desglose que destruyó el pueblo de Arata. A causa de esto, su vida normal fue reconstruida

Justicia Akazuka, apodado como Seigi, es un joven habilidoso en las artes marciales. Seigi rescata a un anciano sin hogar de unos matones, como agradecimiento imprime en la palma de la mano de Seigi un misterioso tatuaje en. Sin embargo, no es un tatuaje normal, es un arma especial que da Seigi poderes sobrenaturales, como la deformación del espacio-tiempo. Entonces Seigi conoce a un agente estadounidense llamada Ijii, cuyo deber es recuperar los diferentes tatuajes repartidos por el mundo. Es entonces cuando Seigi decide ayudar a la agente Ijii adentrándose así en una conspiración a escala mundial.

Continuación de la serie.

En la Francia del siglo XV, durante la Guerra de los Cien Años contra Inglaterra, Montmorency, el hijo de un noble, se sumerge en el estudio de la magia y la alquimia en una escuela para caballeros. Sin embargo, tras la derrota de Francia en Agincourt, la escuela cierra y el joven se ve obligado a escapar. En su huida conoce a una chica llamada Jeanne, que vive en una aldea y tiene un aura milagrosa.

La historia se centra en una escuela privada donde el consejo estudiantil se elige meramente por popularidad. Dentro del consejo elegido se encuentra Ken Sugisaki quién es el único hombre entre todas las demás miembros bishoujo del consejo, que tienen el derecho de entrar al "santuario sagrado" donde tienen sus reuniones, ahí Ken se encarga de tomar las minutas de las reuniones dirigidas por la presidenta del consejo Kurimu Sakurano, que van desde las vidas hasta los intereses de los estudiantes.

La historia gira en torno a una pequeña niña llamada Kohina. Por alguna razón, Kohina termina invocando a un Kokkuri-san, un fantasma de bajo rango en el folclor japonés. Al principio, él tenía solo intenciones de cazarla, pero pronto se comienza a preocupar por su terrible hábito de comer ramen para cada una de sus comidas. Él decide cazarla para así poder protegerla.