La trama principal se centra en Harudori Tusugumi, una joven estudiante japonesa, que cuando descubre que es un arma, decide asistir la Escuela Shibusen para aprender a controlar sus poderes, allí se encuentra con Anya, Meme y todos sus compañeros de escuela.
A diferencia de la historia original de Soul Eater, hay muy poca acción, y la mayor parte de la historia hasta ahora ha sobre vida de internado en la academia, desarrollada en el mundo de Soul Eater.
Hayato es un joven profesor que se dirige a su nuevo trabajo en una lejana y extraña aldea. Sin embargo, desconoce que su nuevo destino es un lugar donde se entrena a ninjas de élite y que los que serán sus alumnos resultarán una panda de frikis de lo más diverso, que harán todo lo posible por hacerle la vida imposible. Sin embargo, a ese pueblo también se dirige la joven Himawari, una muchacha cuyo sueño siempre ha sido llegar a ser una ninja desde que cuando era pequeña un apuesto guerrero de las sombras la salvó de la muerte.
ayato es un joven profesor que se dirige a su nuevo trabajo en una lejana y extraña aldea. Sin embargo, desconoce que su nuevo destino es un lugar donde se entrena a ninjas de élite y que los que serán sus alumnos resultarán una panda de frikis de lo más diverso, que harán todo lo posible por hacerle la vida imposible. Sin embargo, a ese pueblo también se dirige la joven Himawari, una muchacha cuyo sueño siempre ha sido llegar a ser una ninja desde que cuando era pequeña un apuesto guerrero de las sombras la salvó de la muerte
La historia gira en torno a dos estudiantes, Haruta y Chika, que forman parte de un club de instrumentos de viento que está a punto de disolverse. Son amigos de la infancia y se pasan los días practicando con esfuerzo y al mismo tiempo intentando encontrar a nuevos miembros. Sin embargo, cuando cierto incidente ocurre en su instituto, trabajarán juntos para resolverlo.
