Phantom Bullet transcurre un año después de completarse SAO, cuando Kirito recibe una llamada del investigador Seijirou Kikuoka para hablar de un extraño caso relacionado con el juego Gun Gale Online. Un misterioso jugador llamado Death Gun es capaz de matar a personajes en el juego y, a su vez, matar a quienes los controlan en el mundo real. Kirito entrará en el juego para investigar cómo es eso posible y allí conocerá a Sinon, que será su guía en este nuevo mundo.
A finales de la era Edo, un demonio conocido como el Rey Impuro mató a miles de personas. Tras vencer al demonio, los Caballeros de la Verdadera Cruz mantuvieron su ojo izquierdo sellado a salvo en la Academia, pero ahora ha sido robado. Al escuchar que el ladrón ha tomado por rehén a un niño, Yukio y Rin parten a ayudar. La investigación y la persecución llevará a Rin y a sus amigos hasta Kyoto, donde se verán involucrados en una oscura trama.
Durante un viaje escolar, el niño prodigio Sorata Suzuhara se aleja de sus compañeros al escuchar una misteriosa canción y se desmaya. Cuando se despierta, se encuentra en un sitio desconocido y se topa con una chica que le dice que está en el Japón de inicios de siglo.
Para ayudarle a volver a casa, Sorata la sigue hasta un barco que está esperando y cuando aparece, Sorata se da cuenta de que no es un simple barco de madera, sino que es una nave voladora que tiene una tecnología que va más allá de lo que Sorata podría imaginar. Pero lo más extraño es que allí hay otros 12 pasajeros, 3 mujeres jóvenes y 9 hombres, que se supone que son espers que tienen poderes especiales, y están en una especie de viaje por petición de una multinacional conocida como El Mundo.
En un mundo de fantasía en el cual los 6 héroes elegidos por los Dioses del Destino deben luchar contra el Demonio que ha revivido desde las profundidades del infierno, Adlet, nuestro protagonista, dice ser “el más fuerte del mundo”. Adlet es uno de los elegidos, los “Héroes de las seis flores”, pero cual es la sorpresa de todos los valientes elegidos al ver que no son seis, sino siete. En el bosque, los siete temen de que el enemigo esté entre ellos y el principal blanco de las sospechas es el propio Adlet.
Toru Acaru, un tipo vago, pero con algunos talentos escondidos, es forzado por su hermana Akari a salir de su cueva y buscar trabajo, como cualquier persona normal de la ciudad. Todo esto cambia cuando se encuentra con Chaika Trabant en el bosque, una misteriosa chica que parece albergar alguno que otro secreto. Ocurre muy rápido, son atacados por una misteriosa criatura, que parece seguir a la enigmática chica.d
