Hace mucho tiempo, Haruka Haruno conoció a un extraño muchacho llamado Kanata. Él le dio una extraña llave y ella le prometió que nunca renunciará a su sueño. Unos años más tarde, Haruka, ahora a la edad de 13 años, asiste a la Academia de Nobles, un internado para niñas y niños. Pero incluso ahora, ella conserva su sueño de convertirse en una princesa, como la de sus preciosos libros ilustrados. Un día, se encontró con dos pequeñas hadas del Reino Hope, Pafu y Aroma, quienes fueron perseguidas por extraños monstruos. Las hadas le dijeron que ellas fueron creadas por una bruja que convierte los sueños en desesperación y los encierra lejos, en la Puerta de la Desesperación. Sin otra opción, las hadas le dieron a Haruka un perfume Princess, con el cual ella podrá convertirse en Cure Flora, una Pretty Cure con el poder para oponerse a la bruja oscura. Con la ayuda de Minami Kaido (Cure Mermaid) y Kirara Amanogawa (Cure Twinkle), formarán el equipo Princess Pretty Cure con el fin de recolectar las Dress-Up Keys para abrir la Puerta de los Sueños y proteger los sueños de la gente de la desesperación.

La historia se centra en cinco mujeres que trabajan en la oficina de turismo de su pequeña ciudad. La ciudad revive su programa de turismo “micro-nación”, que se originó a partir de un movimiento nacional durante el período de la burbuja economía japonesa, y para ello contratan a estas cinco chicas como “embajadoras”.

Nozomi Yumehara va camino de la parada del autobús cuando de repente ve una mariposa. Decide seguirla y entonces se tropieza con un chico. Se disculpa y se va corriendo. Más tarde, en el colegio, se vuelve a encontrar con ese chico, que se transforma en su verdadera forma. Éste dice llamarse Coco y le cuenta que para salvar su mundo, la Tierra de las Fuentes de los Nightmares, necesita el poder de 5 Pretty Cures para encontrar a los 55 Pinkies y completar el Dream Collet, en el que está encerrado su amigo Nueces y sólo saldrá cuando se descubran a las 5 Pretty Cure.

Nozomi Yumehara va camino de la parada del autobús cuando de repente ve una mariposa. Decide seguirla y entonces se tropieza con un chico. Se disculpa y se va corriendo. Más tarde, en el colegio, se vuelve a encontrar con ese chico, que se transforma en su verdadera forma. Éste dice llamarse Coco y le cuenta que para salvar su mundo, la Tierra de las Fuentes de los Nightmares, necesita el poder de 5 Pretty Cures para encontrar a los 55 Pinkies y completar el Dream Collet, en el que está encerrado su amigo Nueces y sólo saldrá cuando se descubran a las 5 Pretty Cure.

La protagonista de esta historia es Akko Kagari, una chica normal y corriente que tiene una meta en la vida: llegar a ser como la bruja Shiny Chariot. Para ello se inscribirá en la academia de jóvenes brujas Luna Nova, donde conocerá a otras chicas que se instruyen en el campo de la brujería. Sin embargo, allí aprenderá que Shiny Chariot no es tan respetada como ella pensaba.