CLANNAD es un anime que se enfoca en la vida de Okazuki Tomoya, un chico de instituto que cursa el último año; algo decepcionado con su propia vida, no tiene las mismas preocupaciones que los demás chicos de su edad. Un día camino al instituto se encuentra con Furukawa Nagisa, una chica algo exótica que tiene como costumbre hablar con si misma. Estos dos personajes se hacen amigos y desencadenan hechos extraordinarios.
Es la secuela de Clannad, empieza justo donde esta acaba y se extiende durante los próximos diez años(en la serie), narra la historia de Tomoya Okazaki y Nagisa Furukawa despues de las vacaciones de verano, muchas cosas pasaran entre ellos que harán que sus vidas cambien por completo. esta basada en la novela visual Clannad, esta serie es la adaptación su segunda parte "After Story" y una parte de la historia principal.
La historia gira en torno a Shoko Nishimiya, una estudiante de primaria que es sorda de nacimiento y que al cambiarse de colegio comienza a recibir acoso escolar por parte de sus nuevos compañeros. Uno de los principales responsables es Ishida Shouya quien termina por forzar que Nishimiya se cambie de escuela.
Como resultado de los actos contra Shoko las autoridades del colegio toman cartas en el asunto y el curso señala como único responsable a Ishida, quien comienza a sentir el acoso impuesto por sus propios compañeros, al mismo tiempo que termina aislándose de los que alguna vez fueron sus amigos.
Años después, Ishida intenta corregir su mal actuar, buscando la redención frente a Nishimiya.
Cuando Hina-chan se enamora de Koyuki Ayase en la escuela, su falta de valor hace que él se gradúe y vaya a preparatoria sin saber sus sentimientos. Pero cuando llega el momento de escoger, Hina decide que irá a la preparatoria de su antiguo senpai para declararle su amor.
Natsume es un chico que ha tenido una vida difícil desde pequeño, puesto que puede ver espíritus llamados Youkai, un buen día algunos de esos espíritus empiezan a atacarle pidiéndole "El Libro de los Amigos" éste libro, es un diario que le dejó su abuela Reiko que también podía ver los espíritus perfectamente. Ésta fue quien encerró el nombre de muchos de los Youkai, impidiendo así que pudiesen ser libres. Natsume, junto con su amigo y guardaespaldas, decidirá ayudar a los Youkai y liberarlos devolviéndoles su nombre.
Estamos en el año 2015 CE, donde la Organización de Seguridad Chaldea se ha fundado para preservar la existencia de la historia humana. Observaban un mundo que la traumaturgia no podía controlar, y que la ciencia no podía medir por completo, para así evitar la extinción segura de la humanidad. Pero en el futuro visto por Chaldea, la humanidad se extingue sin remedio en 2017.
La causa parece estar en Fuyuki, un pequeño pueblo de Japón, y concretamente en el año 2004. Allí aparece una región no observable que no había existido jamás antes de aparecer. Chaldea supone que Fuyuki es la razón por la que la humanidad está condenada, así que envía a explorar, investigar y destruir el Santo Grial si es necesario a la Gran Order.