Esta alocada historia está protagonizada por Koichi, un estudiante de instituto que tiene que luchar contra el Imperio de los Pingüinos. Para ello tendrá que pilotar su robot gigante que funciona después de que Koichi le meta mano a alguna chica guapa. El ecchi y el fanservice están asegurados.
Naruto, un aprendiz de ninja de la Aldea Oculta de Konoha es un chico travieso que desea llegar a ser el Hokage de la aldea para demostrar a todos lo que vale. Lo que descubre al inicio de la historia es que la gente le mira con desconfianza porque en su interior está encerrado el demonio Kyubi que una vez destruyó la aldea, y que el anterior líder de la misma tuvo que encerrar en su cuerpo siendo aún muy pequeño, a coste de su vida. Aunque sus compañeros no saben esto, tampoco le aprecian porque es mal estudiante y siempre está haciendo bromas. Sin embargo, la forma de actuar y la determinación de Naruto demuestran a los demás que puede llegar muy lejos, y el recelo de los otros chicos se va disipando. Naruto y sus compañeros Sakura y Sasuke, junto a su maestro Kakashi tendrán que enfrentarse a una serie de combates y misiones a lo largo de la historia que les permitirán mejorar y crecer. Naruto se vera enfrentado a sus principales enemigos Akatsuki, Itachi y Kisame.
Pasados dos años y medio de entrenamiento con Jiraiya, Naruto Uzumaki regresa a la aldea oculta de la hoja, donde se reúne con sus viejos amigos y conforma de nuevo el Equipo 7. Debido a la ausencia de Sasuke, aparece un nuevo personaje llamado Sai el cual retoma su lugar.
En esta secuela podremos notar como los compañeros de Naruto han madurado con respecto a su desempeño previo, mejorando la mayoría de estos en su nivel. Durante su entrenamiento con Jiraiya, Naruto aprendió a controlar un poco de la chacra del Kyubi.
Lo contrario a la serie original, dónde sólo desempeñó un papel secundario, la organización Akatsuki asume el papel antagónico principal en Naruto Shippuden, buscando como objetivo principal el capturar a todos los poderosos monstruos Biju.
El Grupo de Ladrones y Asesinos "Genei Ryodan" proviene de la ciudad de las Estrellas Fugaces, esta ciudad está fuera de toda jurisdicción, es por eso que en este lugar no hay leyes ni reglas.
La mafia y esta ciudad poseían una estrecha relación colaborando unos a otros. Pero el Genei Ryodan rompió este lazo y arrasó con las principales cabezas de la mafia.
El Genei Ryodan también llamado "La Araña" consta de una cabeza y doce patas, la cabeza es el líder de la Araña, llamado Kuroro Lucifer, le siguen las doce patas que son: (lista de los integrantes del Ryodan según la fuerza de cada uno)
Es la OVA que continua a la del Genei Ryodan Durante esta parte Gon Y Killua siguiendo una pista que dejo el padre de Gon, se logran enrolar en el juego Greed Island (la isla de la ambición). Al colocarse en frente de la consola son transportados a un territorio el la cual ellos creen en un principio es una realidad virtual, pero que es en realidad una isla la cual ha sido modificada por muchos cazadores gracias a la habilidad especial (NEN) que ellos poseen, siendo el padre de Gon uno de lo creadores del Juego. Durante sus aventuras en el Juego conocen a Biske, quien a pesar de poseer una apariencia juvenil, es en relidad una adulta mayor y quien se convierte en su próxima Maestra. Durante sus aventuras en Greed Island, Gon y Killua se encuentran con Hisoka. Aunque también ingresan otros miembros del Ryodan (Saga anterior) estos no entran en contacto con ellos, ya que están buscando una solución para liberar a sus jefe de la cadena que le incrusto Kurapica.
Greed Island Final es la tercera y hasta ahora ultima serie de OVAs de la serie Hunter X Hunter. Esta comienza con Gon Y Killua ya dentro del juego Greed Island ("Isla de la ambición"), entrenándose en el NEN con Biscuit, a quien conocieron en el OVA anterior. A medida que el trío se va adentrando en el juego, descubren que es mas difícil y peligroso de lo que parece, en especial el grupo que se hace llamar "Los bombarderos". Sin embargo, Gon esta decidido a no dejar pasar esta oportunidad de encontrar una pista de su padre.
Gon Frecks,un niño de 12 años,vive con su tia Mito y su abuela en Isla Ballena, huérfano de madre y según su tía también de padre. Un día Gon es atacado por un oso del bosque, pero es salvado por un cazador quien le explica que está en busca de su maestro para así convertirse en un cazador, el es quien le dice que su padre Gin esta vivo. Enterado de esto Gon decide convertirse en cazador para poder encontrar a su padre.