La historia toma lugar en la ciudad ficticia de Kazamatsuri, que tiene la peculiaridad de estar sobre-poblada por vegetación, dándole un aspecto de zona rural.
Tennouji Kotarou vive en este lugar, quien tiene la habilidad de “re-escribir” su propio cuerpo, logrando así poder escoger su fuerza o velocidad a placer. Él con la ayuda de 5 compañeras de su escuela investiga misterios sobrenaturales.
La historia está protagonizada por un estudiante de instituto que es raptado por toda una señorita rica como “muestra de la gente corriente”. Será así como entrará en un mundo lleno de chicas de la élite prácticamente aisladas del mundo real.
Jun es una chica que se ha quedado sin habla. Hace tiempo fue una chica muy feliz, pero debido a cierta cosa que dijo cuando era muy joven, su familia quedó destrozada. Un día, apareció una hada que le quitó la habilidad para hablar para que no hiciese daño a nadie más. Desde esa traumática experiencia, Jun vive en las sombras, alejada de los centros de atención. Pero un día, es nominada a convertirse en miembro ejecutivo del consejo de la comunidad. Y además de esto, Jun también es la elegida para interpretar a la protagonista de su musical...
La historia toma lugar en la Academia Shiomi, una vasta y prestigiosa academia con una Daitoshokan (“gran biblioteca” en japonés) que rivaliza con la biblioteca nacional de Japón. Como miembro del Club de la Biblioteca, Kyoutarou Kakei va a Daitoshokan para disfrutar leyendo. Allí entonces conoce a Tsugumi Shirasaki de segundo año, a través de los esfuerzos de un tal llamado “pastor” que cumple los deseos de la gente. Eventualmente, más chicas se unen al club gracias al llamado “pastor”.
Shouta tiene 25 años y es un nini, en una reunión de viejos compañeros de primaria en el lugar donde estudio su primaria decide salir e ir a la piscina a fumarse un cigarrillo. Al resbalar y caer a la piscina una extraña luz sale de ella, pensando que ya estaba a punto de morir al salir de la piscina se da cuenta que regreso al pasado, a la época en que estudiaba la primaria.
La comedia está protagonizada por Kotaro Satomi, un muchacho que comienza a vivir solo para ir al instituto. Por suerte encuentra una habitación muy barata, aunque pequeña, por solo 5.000 yenes mensuales, y ahí comienza su nueva vida.
Sin embargo cuando se muda a esa habitación, la “1X6″ del edificio Korona, empiezan a aparecer compañeras de piso. Así da comienzo la extraña vida en comuna de Kotaro, donde una habitación de seis tatamis es un campo de batalla.
La historia nos lleva a través de las aventuras de Tatsumi, un joven boxeador que viajó a la capital imperial para unirse al ejército.
Sin embargo, descubre que la ciudad está dañada por el ansia de poder de los funcionarios, que se aprovechan de la falta de experiencia del emperador para gobernar a su antojo. Después de tener cierto encuentro, Tatsumi se encuentra involucrado dentro de un grupo de asesinos en la sombra llamados "Night Raid", luchando contra la tiranía de la Ciudad Imperial...
La historia se encuentra en un mundo paralelo donde Japón no privatiza sus líneas de ferrocarriles nacionales. Naohito Takayama es una gran chica de la escuela publica que sueña con un futuro cómodo trabajando para los top-rated de la compañía japonesa de Ferrocarriles Nacionales.
A este se le asigna como aprendiz en el cuerpo de las Fuerzas de Seguridad de los Ferrocarriles Nacionales, llena de personajes extraños como Sakurai, una alborotadora que odia a los hombres. Además de eso, un grupo extremista denominado "RJ" lucha para privatizar las líneas de Ferrocarriles Nacionales de Japón.
Tada Banri, es un estudiante de nuevo ingreso en una escuela privada de derecho en Tokio, después de la ceremonia de apertura, él estaba completamente perdido tratando de encontrar el camino hacia el salón de orientación para los de primer año. En ese momento, se encuentra con un estudiante de primer año, que también estaba perdido, Mitsuo Yanagisawa. De alguna manera llegaron al lugar donde se dirigían, pero de repente frente a los dos aparece una chica hermosa que sostiene un ramo de rosas. La chica golpeó a Mitsuo en la cara con el ramo. "felicidades, estudiante de nuevo ingreso", fue todo lo que dijo, y luego se fue. La mujer que golpeo a Mitsuo se trataba de su amiga de la infancia, Kaga Kouko. Cuando eran niños se habían prometido a casarse cuando algún día llegarán a cumplir sus sueños. Con el fin de escapar de ella, Mitsuo había salido secretamente y tomado el examen de este colegio privado muy conocido.
Incluirá una nueva historia que se desarrollará un año después del episodio final de la serie junto a una nueva versión de la historia narrada desde el punto de vista de Menma.
Kido Tatsuhiko se mudó a Tokio para asistir a una escuela de arte y comenzar su nueva vida. En su nueva sala, hay un pequeño agujero en la pared. Al principio no se puede ver nada a través del pequeño agujero, pero una noche, asomándose a través del agujero, vio a una niña. Así es como empieza su nueva vida.
Eita Kidou, después de entrar en la escuela secundaria, se dedica a estudiar incansablemente, y su gran objetivo es entrar a la Universidad Nacional de Medicina. Debido al divorcio de sus padres, se prometió rechazar todo lo relacionado con el romance o el amor y dedicarse al estudio. Pero un día esto acabaría, pues la nueva belleza de la escuela, Masuzu Natsukawa, una chica con el pelo color plateado que acaba de regresar a Japon, entró en la vida de Eita de la manera más inesperada. Su amiga de la infancia que está con él desde la escuela primaria, Chiwa Harusaki, no dejará pasar esto sin luchar.
Segunda Temporada de Medaka Box: Medaka Kurokami, Chica Perfecta, de perfecto físico, perfecto carácter, perfectas notas. Y Zenkichi Hitoyoshi, amigo de la infancia de Medaka. Al asumir Medaka el puesto de presidenta del consejo estudiantil, esta ábrela medida de la ?Caja de sugerencias? con el fin de ayudar a todos los estudiantes en cualquier cosa, aunque sea imposible. Con el tiempo, Medaka y su consejo estudiantil se verán inmersos en una conspiración de siglos atrás, Batallas contra estudiantes sobrehumanos y sus Anormalidades. Todo sea por mantener la paz de la Academia Hakoniwa.
Después de la muerte de sus padres, Akito Himenokouji y su joven hermana gemela Akiko fueron adoptados por familias distintas. Seis años más tarde, que ahora viven por su cuenta, bajo el mismo techo. Akiko no hace ningún esfuerzo para ocultar su complejo de hermano. Ella incluso va tan lejos como tratando de convencer a su hermano para hacer su primera noche juntos una experiencia memorable, fue en vano. Akito calma rechaza muchos avances de su hermana y considera que amar a su hermana de sangre relacionados con el imposible. Sin embargo, Akiko está decidido a demostrar que el amor puede superar cualquier obstáculo.
La historia tiene como protagonista a un niño en una época de hambre absoluta en el Japón mediaval, la cual llega hasta tal punto que el protagonista, Ashura, está a punto de ser devorado por su propia madre.
Shougo Mikadono, hijo de un magnate empresarial fallecido. Como última voluntad, el padre de Shougo le puso una condición al muchacho para heredar toda su fortuna: que encontrase pareja en el instituto. Mikadono entonces entra en un nuevo instituto con la intención de cumplir dicha condición, aunque por el camino descubre que tiene una hermana gemela de la que le separaron al nacer. Shougo no tiene ni idea de cómo es su hermana, pero resulta que la muchacha va al mismo instituto al que él se ha apuntado.
La historia original del manga gira entorno a Chiharu un estudiante de secundaria, obsesionado con los zombies, incluso su sueño es besar a una chica zombie. A través de un conjunto de circunstancias inesperadas, Chiharu conoce a una chica bonita y elegante llamada Rea, juntos tratan de revivir a Baabu el gato de Chiharu quien murió en un accidente. Poco después Chiharu descubre que Rea quiere deshacerse de todas sus responsabilidades mortales convirtiéndose a ella misma en un zombie
Jin Kanzaki, un extraño chico con una marca de ángel en su mano. Vive una vida pobre pero tranquila a lado de su abuelo, junto con otros indigentes cerca de un río. Un día, su vida pacífica cambia cuando un extraño monstruo denominado "Player" aparece, cortando cabezas y matando a cualquiera que se cruce en frente de él.
Comedia romántica en donde la historia está protagonizada por Konoe Subaru, un chico de 17 años que trabaja de mayordomo de Suzutsuki Kanade, una compañera de clase. El problema viene cuando un día Sakamachi Kinjirou descubre que Subaru es realmente una chica, y no un chico como pretendía hacer pasar ante los demás, y es que si alguien llega a enterarse en el instituto de que no es un chico, ¡perderá su trabajo!
Basada en la novela de ciencia-ficcion de Asano Atsuko, creador de "Telepathy Shoujo Ran". La historia se situa en "No.6" una ciudad futurista en el año 2013. Habitada por una elite de alto rango desde hace 2 años, un chico llamado Shion vive en una zona exclusiva de "No.6". En la noche de su decimo-segundo cumpleaños rescata a un Tipo que se llama "Nezumi" . Nezumi escapó de los agentes de seguridad en la ciudad especial, a partir de ese momento, cambió la vida de Shion para siempre...