El protagonista, Cho Soran, lleva una vida de estudiante muy normal hasta que se ve involucrado en un terrible incidente que ocurre en un pequeño pueblo. Según pasaba por el cementerio, Cho se ve asaltado por unos zombis, y pensando que van a por él, una misteriosa chica con una espada le salva y desaparece de repente. Este extraño encuentro cambiará por completo el destino de nuestro héroe.
Han pasado miles de años y la humanidad ha viajado hasta el espacio. Los humanos están divididos bajo dos grupos con dos distintas formas de gobierno: por un lado está la autocracia del Imperio Galáctico, y por otro la democracia de la Alianza de Planetas Libres. Ambas facciones llevan ya 150 años de guerra, lo que ha convertido a la galaxia en el escenario de un sinfín de conflictos.
Hadsuki Azuma es una adolescente muy popular entre las chicas de su colegio, aunque ella sólo quiere a su hermana adoptiva Hatsumi, quien es muda. La noche que Hatsumi cumplía 16 años, Hadsuki entró a su cuarto, pero al intentar besar a su hermana quien estaba dormida, una luz verde invade la habitación y Hatsumi desaparece después de decir el nombre de su hermana. Minutos después un ave (Ken-chan) entró buscando a “Eve”. Hadsuki obligó al ave a llevarla con él, llegando a una enorme biblioteca. Allí se encuentran con Lilith, la hermana menor de Eve quien está a cargo de la biblioteca en ausencia de Eve y quien queda prendida de Hadzuki ya que le recuerda a Yamiyama o Papa. Ésta extraña biblioteca contiene todos loa mundos que existen. Lilith dice que Hatsumi es en realidad una de las formas de Eve y que cada 16 años Eve debe abandonar un libro e ir al próximo. así inicia la búsqueda de Hadzuki por su hermana a quien quiere declarale su amor.
Segunda parte de la tercera temporada.
Ichiro Suzuki, conocido como "Satou", es un programador en plena marcha fúnebre. Cuando un día se despierta después de lo que supuestamente iba a ser una siesta normal, se encuentra en otro mundo... Lo que ve ante él parece la pantalla del menú del juego en el que estaba trabajando antes de dormirse, y es un novato de nivel 1. Por suerte tiene acceso a la nueva función de "mostrar todo el mapa" que acababa de implementar para ayudar a los novatos y tres usos de la magia "Lluvia de meteoritos", la cual puede acabar con todos los enemigos de un mapa completo.
Los chicos sueñan con poder volar algún día por el infinito cielo, aunque son dolorosamente conscientes de cuán lejos está el cielo más allá del cristal que les impide salir volando. En un futuro distante la humanidad ha creado Plantation, una ciudad fortaleza móvil construida sobre las ruinas del mundo y en la que ha florecido la civilización. En la ciudad hay barracones especiales para pilotos llamados Mistilteinn, aunque popularmente se los conoce como "jaulas de pájaros". Allí es donde viven estos chicos... sin saber nada del mundo exterior, sin poder sentir nunca el enorme cielo. Su única misión en la vida siempre fue luchar. Sus enemigos son los misteriosos organismos gigantes conocidos como Kyoryu, a los cuales enfrentan con los robots llamados FRANXX. No saben hacer otra cosa y no se lo plantean, pues creen que este es su propósito único en la vida. entre ellos está un niño al que en su día consideraron un niño prodigio: Código 016, Hiro. Sin embargo, ahora es un fracaso y se lo considera innecesario. Quienes no pueden pilotar un FRANXX es como si no existieran. Un día aparece ante Hiro una chica llamada Zero Two y de su cabeza surgen dos cuernos. "Te encontré, cariño mío"
Las obras de uno de los más famosos maestros japoneses del terror, Junji Ito, finalmente dan el salto al anime. Una recopilación de historias donde cada episodio tendrá su propio protagonista y que adaptarán varias de las obras cortas del autor para hacernos sentir escalofríos y hacernos mirar a nuestro alrededor temerosos de que la oscuridad que nos rodea nos engulla.
