En esta segunda parte de Pretty Cure, la Reina decide convertirse en su forma original, pero su hesencia se divide en varias partes, las cuales son: Doce Hartiels (los deseos de la Reina) la resurrecion de voluntad, y la vida de la Reina. Pero por desgracia el Rey Haaku también obtiene una Vida. La Vida de la Reina es una niña llamada Hikari Kujou, que estudia primer curso, a la cual Akane encontro cerca del Takko Caffe y, ahora, trabajan juntas. Hikari se convierte en una Pretty Cure gracias a Porun, y su nombre es Shiny Luminosa, más tarde encuentra a Lulum, que le da mas poder. Para Shiny Luminosa es imposible atacar, solo puede aumentar el poder de Cure Black y Cure White con su Batuta Corazón. Las Pretty Cure intentan reunir todos los Hartiels para que Hikari vuelva a ser la Reina, y todo vuelva a ser como antes.
La historia gira alrededor de dos muchachas, Nagisa Misumi y Honoka Yukishiro, que luchan contra La Zona Dotsuku - una dimensión malvada que usurpó en el Jardín de la Luz. Las acciones de La Zona Dotsuku hicieron necesaria la fuga de dos guardianes del Jardín de la Luz, unas criaturas llamadas Mipple y Mepple. Ellos sirven como fuente de información para la serie, y generalmente se encuentran dentro de los dispositivos de transformación de las chicas, que son parecidos a teléfonos móviles. Durante cortos períodos de tiempo pueden transformarse en sus verdaderos cuerpos e interactuar con los demás. Inicialmente los tienen Cure White y Cure Black mientras buscan las Piedras Prisma, que colocan en un dispositivo conocido como Corazón de Prismas. El Corazón de Prismas es protegido por el Guardián, Wisdom. Una vez descubren todas las Piedras Prisma, su poder las lleva al Jardín de la Luz y repara la mayor parte del daño hecho por La Zona Dotsuku.
La historia gira en torno a Hiraga Josef Kou, un genio científico, y Robert Nicholas, experto en criptoanálisis y archivos. Ambos trabajan juntos y son conocidos como los “investigadores de milagros” del Vaticano, viajando por todo el mundo para investigar la autenticidad de los supuestos milagros que ocurren.
Esta comedia romántica gira en torno a la vida de varios estudiantes aficionados a los videojuegos. Entre ellos está Keita Amano, un joven solitario que adora los juegos; Karen Tendou, la bella presidenta del club de videojuegos; Chiaki Hoshinomori, que constantemente se está peleando con Keita; y Tasuku Uehara, que finge estar satisfecho con su vida en el mundo real, pero que en el fondo adora los videojuegos.
