La historia de Escha consiste en un encantador cuento acerca de las aventuras cotidianas de una alquimista muy conocida por los fans de la serie Atelier, mientras que la historia de Logy supone una aproximación al juego desde una vertiente más oscura plena de elementos RPG tradicionales y centrada en la exploración del mundo.
La historia sigue a Utsutsu y Yume Hasegawa, un muchacho y su hermana pequeña que se encuentran completamente solos. Un día, Yume ve una misteriosa mariposa roja y su cuerpo sufre una extraña metamorfosis, convirtiéndose en una criatura que devora humanos. Utsutsu luchará por encontrar la manera de devolver a su hermana a su verdadera forma, aunque, como las células de el se regeneran a gran velocidad, se dejara comer poco a poco por su hermana para mantenerla con vida.
La historia se desarrolla en Aquafall, un mundo de fantasía repleto de agua y vegetación que está habitado por hadas y dragones. Un día, unas terribles criaturas caen del cielo en unos meteoritos y entonces, el hada Syrup y las dragonas Leviathan, Bahamut y Jörmungandr, tendrán que trabajar juntas para luchar contra los enemigos y proteger Aquafall.
Tras un largo y complicado viaje, el héroe llega finalmente al castillo de Maou, la señora oscura, solo para descubrir que le piden ayuda. El héroe explica que la guerra que los demonios han provocado con los humanos ya ha matado a miles de personas y ha dejado a aun más en la miseria. La reina de los demonios sin embargo le responde que gracias a la guerra, la sociedad humana ha podido unirse más y le muestra pruebas de que ha incrementado la población, la producción, potenciado la economía y mejorado la soeicedad en general. Y lo que es más, según ella, acabar con la guerra derivaría en una guerra civil que produciría aun más derramamientos de sangre. El héroe, convencido de que la única forma de alcanzar la ?paz? por decirlo de alguna manera, es unirse a la señora oscura, decide aliarse con ella.
En esta versión paralela de Kyoto, un sitio lleno de seres sobrenaturales, gobernada por un monje, una demonio y un sacerdote; Koto continuará su búsqueda de Kuro Usagi, un extraño conejo quien puede ayudarle a regresar a casa de su mentor, Inari. Junto a sus hermanos, los dos espíritus A y Un, y con la aparición ocasional de la poderosa y enigmática Dama Koto, causaran estragos por toda la ciudad, provocando una enorme frustración a Shoko.
La historia gira en torno a Shinichi Kano, un otaku de pura sangre sin ningún talento especial que destaca por su vasto conocimiento y opiniones sobre el moe y por tener a un padre escritor de novelas ligeras y a una madre que realiza eroges. A pesar de todo esto, el gobierno japonés asigna a Shinichi como “evangelista del moe” y lo mandan al Holy Eldant Empire, un mundo paralelo al que se puede entrar a través de un espeso bosque en la zona del monte Fuji. En este mundo de fantasía, donde los dragones surcan los cielos, Shinichi se hace gran amigo de una criada mitad elfa llamada Myuseru y de la hermosa y joven emperatriz Petoraru. A pesar de ocuparse de las amenazas de guerra entre sus diferentes facciones, se preocupa de que él mismo es un invasor (un shinryakusha) de esta maravillosa tierra.
Hace mucho tiempo, toda la humanidad vivió una vez en el mar. Sin embargo, el mundo es ahora el hogar de dos tipos de personas: los que optaron por abandonar el mar, deshaciéndose de la ropa especial brindada por el Dios del mar, y aquellos que optaron por quedarse. Los pensamientos entre las personas del mar y las personas de la tierra se volvieron tan distantes como los sitios en donde vivían, y deteriorados por el incontable paso del tiempo, olvidaron que alguna vez fueron el mismo pueblo.
Una historia entre el mar y la tierra. Manaka Mukaido y Hikari Sakishima, residentes del mar, son amigos desde su infancia, quienes junto a sus amigos Chisaki Hiradaira y Kaname Isaki, decidirán asistir a una escuela en la tierra debido a problemas en su escuela del mar. Pero un encuentro especial, y una serie de acontecimientos, darán un giro en sus vidas.