La historia comienza con la llegada, en el año 1999, de una nave alienígena, que luego de un violento ingreso atmosférico, cae sobre la isla de Ataria Sur, en el Océano Pacífico. Después de una investigación inicial y debido a lo descubierto en la nave, una coalición internacional de países, conocida como United Nations Goverment (UN), inicia un proyecto armamentístico en el que se incluye la restauración e investigación de la tecnología hallada en la nave bautizada previamente como ASS-1 (Alien Star Ship-1) y que posteriormente después de su restauración sería rebautizada como SDF-1 Macross. En 2009, durante la ceremonia de finalización del proyecto se produce la llegada de los Zentradi, raza alienígena de gigantes similares en su aspecto a los humanos pero con una sociedad basada totalmente en la guerra. La nave restaurada bautizada con el nombre de SDF-1 Macross se enciende sola y dispara contra las naves que se aproximan...
Guts es un guerrero vestido de negro de los pies a la cabeza que porta una gigantesca espada más larga que su propia estatura y un robusto brazo ortopédico de hierro... Allá adonde va se forman ríos de sangre y montañas de cadáveres. Cuando estaba en un aprieto, el elfo Puck recibe la ayuda del enigmático guerrero, tras lo cual decide seguirle. Puck, impresionado con el increíble poder de Guts, no puede hacer más que temblar ante el espeluznante mundo en el que este mora. Hordas de espectros tratan de impedir que avance hacia su objetivo...¡¿Y qué es el "estigma" que tiene en la nuca?! ¡¿Le estará empujando hacia la venganza?!
Sakai Yuuji, estudiante de secundaria del instituto Misaki, quien llevaba una vida normal, se ve en serios aprietos cuando se ve atrapado en una batalla contra un "Guze no Tomogara", seres devoradores de almas, sin embargo es salvado dramáticamente por una "Neblina de Llama" llamada "La cazadora de ojos y pelo ardientes" que le cambia por completo su vida cuando el chico se entera que ya había muerto? su "yo" ya había sido devorado, que él era una "antorcha", los restos de su alma, y que iba a desaparecer sin dejar rastro. En ese momento entabla una complicada relación con aquella chica a quien él osadamente llamó Shana. Ella se ve obligada a proteger al chico cuando se enteran que éste es un "Mistes", una "antorcha" única que encierra un tesoro en su interior, de ahí comienza una difícil batalla contra los "Guze no Tomogara" por proteger el tesoro que carga Yuuji y la ciudad en la que todos viven de una devastación casi inminente, mientras tanto Shana no sabe como arreglárselas para encajar en la vida del estudiante de secundaria...
Treinta y cinco años después de la batalla contra la Flota Principal de Boldoza (1era saga de macross), la nueva flota Macross 7 emprende un viaje para adentrarse en la galaxia. Los supervivientes de la Tierra llevan a cabo un plan para asegurar su supervivencia, la cual consiste en la migracion y colonización de otros planetas, tratando de extender a la humanidad por toda la galaxia (Flota del Macross 7). Mientras tanto, la colonización de planetas cercanos (como la flota Macross Plus's Eden) contrarrestarían la explosión demográfica y la escasez de recursos. La historia se centra 7 años mas tarde desde q el Capitán Maximillian Jenius dirigió la flota de emigración de la Tierra. En la Ciudad 7, la principal concentración de población de la nave insignia de la Macross 7, la banda de rock Fire Bomber se prepara para su primer concierto en directo. De todas maneras, algo no va bien..
