En la historia original, el joven Yugi Mutou resuelve el misterio de un antiguo artefacto egipcio conocido como el Rompecabezas del Milenio y es poseído por un espíritu con una gran pasión por los juegos. En adelante, él y sus amigos deben enfrentarse a los peligrosos Juegos de las Sombras para recuperar los recuerdos del espíritu.
En el año 1600, la decisiva batalla de Sekigahara se llevó a cabo.
En la prefectura de Satsuma, el comandante de la familia militar Shimazu, Toyohisa Shimazu, logró escapar de las garras de la muerte después de retirarse del campo de batalla y perderse por las montañas.
En medio del aguacero, termina metiéndose en un cuarto que era como una especie de pasillo infinito con muchas puertas. En este lugar, Toyohisa es lanzado por una de las puertas sin antes poder preguntarle nada al hombre misterioso, Murasaki.
Ahora está en un mundo regido por el reinado Orte. Este es un mundo donde los humanos viven junto a los demi-humanos. Junto a los héroes de guerra Nobunaga Oda y Yoichi Nasu que han llegado de igual forma pero de otros tiempos, Toyohisa deberá aplicar su habilidad de samurai para enfrentar el campo de batalla de este nuevo mundo.
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